对于出现这种病情的病人。要根据病人的具体病情以及相关的检查结果来选择进行微创手术治疗，也可以选择进行手术治疗，如果囊肿比较小，可以选择手术治疗，可以选择腹腔镜或者是开腹卵巢巧克力囊肿剥除术，手术之后还是需要使用西药进行巩固。第三，可以选择彩超引导下的穿刺手术。
巧克力囊肿又复发可以通过药物或手术来治疗，根据年龄、症状、体征、病变情况和生育要求进行选择，并强调个体化治疗，有轻微或无症状的轻微病变应期待治疗，有生育要求的轻度应在明确诊断后首先进行治疗，重症应接受保生育手术治疗。
巧克力囊肿的治疗办法就是怀孕，能够引起异位的内膜脱落，让囊肿消失。其次就是药物治疗，小于5厘米的时候可以考虑药物，西药是避孕药一类的，中药是活血化瘀一类的。最后考虑手术治疗，手术治疗很多还是会复发的。
巧克力囊肿是子宫内膜移位至卵巢，影响卵细胞发育而发生不育症。治疗的原则是消除焦点、减轻疼痛、促进生育、减少复发。卵巢囊肿是相对较大的，可以超导介入治疗卵巢囊肿。达到治疗疾病和根源。
巧克力囊肿的治疗可以通过药物或手术来治疗。到目前为止，还没有理想的治疗术。无论是药物治疗还是保守治疗，都有很高的复发率。因此，应根据年龄、症状、体征、病变情况和生育要求进行选择，并强调个体化治疗。
囊肿属于良性病变，对身体没有很大的影响，可以不做治疗或用中药调理，一般也没有什么特效药。有必要时可以考虑手术切除，巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的其中一种，要高度重视积极正确治疗。西医手术以及激素治疗复发几率高，可考虑中医保守治疗。
