一般情况下，两岁宝宝半夜发烧39度，可以通过药物治疗、物理治疗、日常护理等方法进行治疗。具体分析如下：
1.药物治疗：两岁宝宝半夜发烧39度，属于高热的范畴，家长可以在医生的指导下使用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚混悬滴剂、小儿豉翘清热颗粒等药物给宝宝治疗。
2.物理治疗：两岁宝宝半夜发烧39度，可以贴退热贴、用冰块冷敷额头、温水擦浴、等，达到物理降温的效果。
3.日常护理：平时多带孩子进行体育锻炼，具有增强体质的效果，还要多晒太阳。
一般情况下，孩子的体温会随着身体的温度的改变而发生升高，通常是在七、八点左右。如果病情没有恶化，那么夜晚的气温会高于早上，早上五点至六点是最低的，七八点钟是最高的，但这要看病人的身体状况是否恶化。患者的情况是随着身体的免疫力增强而发生的，或者是细菌病毒的杀伤性比较大，会引起疾病的恶化，体温会越来越高。如果宝宝出现发烧的情况，建议及时去医院就诊，以免对身体造成更大的不良影响。
两岁宝宝发烧39℃可以口服布洛芬或对乙酰氨基酚等退热药，同时补充液体量，多喝温热水。
除此之外，家长也可以给宝宝做物理降温，用温水擦拭颈部，腋下，腹股沟等大血管走行的部位能够帮助退烧，同时可以贴退热贴，但是不建议给孩子用酒精擦拭退热，因为酒精可以通过皮肤吸收，影响孩子对抗生素的使用同时，酒精吸收以后会对孩子的肝脏和肾脏产生毒性作用。
两岁半小孩发烧到39摄氏度，属于高烧的情况，可以通过以下方法进行治疗：
首先，家长需要给宝宝口服退热药，降低高烧的持续时间，如小儿柴胡口服液、对乙酰氨基酚、布洛芬等。家长也要注意用药时间的间隔，不可短时间内重复使用。如果小孩的高热持续不退，就需要到医院就诊，查明发烧的原因后，再对症进行治疗。
持续的高热容易引起小儿高热惊厥，家长一定要引起高重视。
两岁宝宝晚上发烧，需要视情况而定。
如果发烧不高于38°，注意多饮水，继续观察；如果发烧超过38°5摄氏度，就需要及时给予物理降温，及退烧药物治疗，亦可以使用退烧贴或退热栓。此外还要及时补充水分，防止因高烧引起脱水症的发生，通过补水还可以促进退烧。其次时查找发烧的原因，可能是病毒、细菌或支原体衣原体等引起的上呼吸道感染、支气管炎、肺炎等。也要考虑尿路感染、血液疾病等因素。发烧是细菌感染者建议患者服用头孢类抗生素，支原体衣原体感染者服用阿奇霉素、罗红霉素等。
