对于密集的较小的纳氏囊肿或比较大的囊肿，可考虑光疗、激光、微波、自凝刀等物理治疗。对于较大的突出于宫颈表面的，可考虑电刀切除治疗。对于散在的比较小的宫颈腺囊肿不需治疗，只要每年检查即可。
宫颈囊肿是慢性宫颈炎的一种表现。很小，一般是不用处理的。建议平时保持会阴部的清洁卫生。尽量穿棉质宽松透气内裤，并勤换洗。饮食方面注意不吃辛辣刺激食物，平时注意保暖，避免受寒。尤其要注意性生活卫生，如果不想要孩子，就要及时采取避孕措施。
支原体导致的宫颈囊肿的去除首先是侵入柱状上皮细胞并在细胞内生长繁殖，然后进入单核巨噬细胞系统的细胞内增殖。支原体、衣原体的致病机理是抑制被感染细胞代谢，溶解破坏细胞并导致溶解酶释放，代谢产物的细胞毒作用，引起变态反应和自身免疫。
宫颈囊肿饮食需要注意：忌饮酒，酒属温热刺激食物，饮酒后会加重湿热，使宫颈炎症加重。忌甜腻厚味食物有助湿的作用，会降低疗效果，使宫颈炎症病情迁延难治；忌海腥河鲜发物水产品均为发物，不利于宫颈炎症消退；忌食辛辣煎炸及温热性食物：辛辣、煎炸食物，温热食物助热上火，加重宫颈炎症病情。
宫颈囊肿可以不作治疗的，除非还伴有宫颈糜烂、白带异常、腹痛等症状就需要治疗了，若是有明显症状，宫颈囊肿可以考虑做微波治疗或者做利普刀，药物治疗是不能消除的，除非合并有细菌感染。
