如果腱鞘囊肿患者没有出现明显不适症状，可以不进行特殊的治疗。若出现不适症状或并发症时布不治疗，可能会导致病情加重。
腱鞘囊肿是一种良性的肿瘤，一般不会对人体产生任何的伤害，所以不需要特别的处理。但如果是大关节的腱鞘囊肿，会影响到关节的运动，尤其是扩张之后会压迫到神经血管，那么囊肿就需要进行特殊的治疗，将腱鞘囊肿去除，以消除压迫组织，恢复四肢的运动，缓解四肢的麻痹，改善四肢血液循环。
纳氏囊肿是有可能会癌变的。纳氏囊肿位于宫颈柱状上皮、鳞状上皮交界区。在进行互相转化的过程当中，腺体的腺管发生堵塞，囊内物分泌不出来引起，是宫颈鳞、柱交界区的标志物，同样具有正常的生理功能，但是囊内液分泌不出来，有可能会发生腺体病变，甚至癌变。
宫颈囊肿，是宫颈炎的一种。一般发生在宫颈炎愈合的过程中，宫颈腺体内的分泌物被新生鳞状上皮过度增生阻塞宫颈腺管形成囊性肿物。一般小而分散，突出在宫颈表面，淡黄白色液体潴留在腺体内形成大小不一的囊肿。可以没有临床症状，伴随炎症则可以有白带增多，伴或不伴有异味建议囊肿不大可以不用治疗自己会吸收，如果囊肿太大就可以用利普刀治疗。
面部有一个小囊肿，因为面部肿块会影响人的美丽。因此，在肿瘤明显肿胀的情况下，考虑手术切除，到整形手术，采取局部麻醉肿瘤切除术，主要是术后缝合选择皮内缝合或可吸收缝合切口，以减少术后瘢痕形成。手术后定期换药，避免进食辛辣刺激性食物。
可以考虑手术治疗。手术方法以显微镜下切除囊肿壁，严密缝合囊肿，以蛛网膜下腔的通道为主要治疗策略。对无症状者以及MRI显示囊肿和临床症状不明显者，一般不需要处理，可先行观察。
