手术治疗，肾积水进行性加重，临床症状明显，肾功能不断下降，梗阻病因明确，有并发症存在，应手术治疗。经皮肾镜取石术，是通过经皮肾穿刺造瘘所创建的通道，经X线荧光透视监控，在内腔肾镜直视下借助碎石和取石器械达到去除结石，解除梗阻的一种技术和治疗手段。
肾积水的主要治疗，第一个就是去除肾积水的病因，保留患肾，例如梗阻尚未引起严重的不可恢复的病变，在起除病因以后，即可获得良好的效果。手术的方法取决于病因的性质，例如先天性的肾盂输尿管连接部的狭窄，可以做肾盂成形术。
局部处理治疗，对于梗阻部位的病变可用局部处理解决者，如粘连分离，纤维索带切断，血管移位再吻合，结石摘除等，对于局部压迫过长已造成输尿管局部发育严重受损时，应将此段输尿管切除再吻合。冲击波体外碎石治疗，该技术是根据结石大小，电脑自动跟踪，精确定位结石，通过超声波的冲击，在体外将结石击成粉末或小米粒状，然后随尿液排出体外。
在临床上常用的治疗方法，有对因治疗、对症治疗以及其他治疗。而对于所有疾病，对因治疗是最有效的治疗方法。所以治疗肾积水，就应该从病因开始治疗。而从肾积水的主要病因来讲，一方面是泌尿系统先天性的结构异常，而另一方面是由于某些泌尿系统疾病所致，例如泌尿系的炎症、结石、肿瘤等因素，再有就是来自泌尿系外伤愈后形成的瘢痕以及盆腔其他器官的肿瘤的压迫等因素。所以基于这些不同的病因，需要采取不同的治疗手段。
如果是结石引起的肾积水，需要给予排石治疗，比较常用的排石方法有应用排石药物、体外冲击波碎石、经皮肾镜取石术以及手术等治疗方法。如果是肾盂、输尿管连接处狭窄引起的肾积水，也需要给予手术治疗。
