巧克力卵巢囊肿一般指子宫内膜异位囊肿。通常情况下，子宫内膜异位囊肿目前为止病因还不清楚。子宫内膜异位囊肿是指卵巢内的异位子宫内膜组织周期性反复出血，形成被卵巢实质包裹的血肿，当具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢局部的时候，随着每次来月经异位症的病灶，在卵巢内也会出现出血的现象，患者可以通过囊肿剔除术、囊肿穿刺术、卵巢切除术等方式进行治疗。
一般情况下，卵巢囊肿可以不做手术，具体内容如下：
卵巢囊肿是一种良性的肿瘤，可以口服活血化瘀的中药，配合微波局部理疗，以利于囊肿的吸收；还有一种是外科手术，可以通过腹腔镜进行微创或开腹手术。根据囊肿大小、平时有没有受到挤压的征象以及肿瘤的序列情况，个人采取什么样的方式来进行治疗。如果是直径在4.0cm以下，一般没有任何不适的情况下，可以先进行2-3个疗程的检查，等疗程完成后，检查结果不理想的时候可以进行外科手术。
通常情况下，巧克力卵巢囊肿是子宫内膜异位症。
是指子宫内膜与卵巢发生异位所引起的一种囊肿。子宫腔内的内膜剥脱后呈暗红色，像是巧克力，这种情况出现在卵巢上，称为巧克力状卵巢囊肿。巧克力卵巢囊肿属于双侧，女性在月经期间会有左右下腹疼痛，这是痛经的症状。如果卵巢巧克力囊肿比较小，疼痛比较轻微，可以通过适当的镇痛来减轻；如果是巧克力性卵巢囊肿比较大，可能会出现蒂扭转，但术后很可能会出现复发。
巧克力囊肿会引起女性小腹疼痛，痛经，性生活疼痛，阴道内不规则出血，盆腔器官黏连。输卵管阻塞，影响受孕几率，如果长期没有得到有效治疗，会引起女性贫血。巧克力卵巢囊肿属于子宫内膜异位，而子宫内膜异位是导致不孕的重要原因之一。
卵巢囊肿是不需要切除卵巢的。卵巢对于女性非常重要，如果完全切除一侧卵巢，虽然还有另一侧卵巢，但是如果是另一侧卵巢功能丧失或者出现囊肿，就给女性会带来很大的困惑，会出现更年期提前的症状。所以临床上对于卵巢囊肿的手术，只要单纯的将囊肿剥离下来，然后缝合剩余的卵巢组织就可以。
可以先试试药物治疗，但就是需要长期服用，只能起到控制或缓解症状效果，但对于瘤体消除是不太可能的。所以还是考虑做手术切除子宫缓解疼痛。没有什么好的办法，还可以口服药物，也可以通过手术治疗。
