脑干梗死后的康复时间取决于病人的康复时间。
大部分脑干梗死病人都会有很大程度的神经功能紊乱，甚至会有一些意识上的问题，例如睡眠、昏厥等。此外，大部分病人还有语言能力的问题，主要有说话困难、说话困难、喝东西时会呛到。这些病人在入院的时候，往往会有一些并发症，例如：吞咽功能减退，四肢活动障碍，或者是肺部感染等。要等病人出现了严重的言语功能和动作功能的问题，并且意识清醒，肺部感染也得到了有效的治疗。一般是2-4个星期或更长时间。
在目前的医疗水平是不能恢复正常的，首先要知道脑干梗塞的主要病理变化，是在脑动脉硬化的基础上，血管内形成血栓，阻塞血流造成脑组织缺血，缺氧和坏死。等病人出现偏瘫，痴呆，甚至植物人，部分脑干梗塞和大面积脑梗塞了，是可以致命的。
脑干是大脑的中枢，是人体的呼吸循环中枢，位置非常重要脑干梗塞的恢复时间因人，因梗塞的位置面积大小而异。脑干梗死是比较危险的，距离呼吸心跳中枢比较近，目前急性期还是以稳定病情为主，稳定一般2-3周，期间要预防并发症，比如肺炎电解质紊乱。具体恢复的时间也跟患者的身体素质有关。
脑干梗死严重。会累及到患者的意识，容易出现呼吸、心脏骤停甚至可危及到患者的生命。但并不是所有的脑干梗死都是非常严重的，脑干梗死的严重程度与否，与患者脑干梗死的部位、脑干梗死的面积都有密切的关系，比如延髓背外侧的梗死，容易有猝死的风险。
脑干梗塞早期很难根治，如果超早期达到溶栓的适应症，可以进行溶栓，如果效果好，可以溶解血管中的血栓，让血管重新开放，不会留下较大的后遗症。
但对于梗死面积大，血管动脉硬化严重，不稳定斑块破裂的病人，即使提前进行溶栓，一般也会留下一些后遗症，比如吞咽困难，肢体活动不良，麻木，偏瘫，语言迟钝，饮水呛咳等等。
