一般扁桃体结石如果是特别小，其实可以用镊子去除，比较大的可以通过手术取出，但须防止坠入呼吸道。若因结石刺激引起周围炎症可以局部治疗。可以服用消炎药头孢菌素抗生素或者罗红霉素胶囊看看。必要时激光手术治疗。
扁桃体结石可以直接张开嘴，打手电筒就能够看到，也可以去医院检查，明确有扁桃体结石，并且伴有异物感、嗓子疼痛不适，需要进行清理，将隐藏在扁桃体隐窝的结石，使用镊子夹取，但是很难能够彻底清理干净。
清理扁桃体结石的方法可以通过漱口，或者通过镊子将扁桃体结石夹出来。大的扁桃体结石，夹不出来，就需要到耳鼻咽喉科门诊去取出来。需要注意口腔卫生，饭后多注意漱口，可以进一步预防扁桃体结石的，扁桃体结石还会经常出现。
扁桃体结石主要见于慢性扁桃体炎，部位一般位于扁桃体隐窝，检查可见扁桃，体隐窝内白色颗粒状物质，有的只有一个，有的有好几个。有些扁桃体结石不用处理，是可以自己掉出来的，平时可以多用盐水漱口。若是扁桃体结石引起不适的感觉，通过盐水漱口等方法不能掉出来的，可以到医院让医生用镊子夹出来，然后多用盐水漱口即可。
扁桃体结石，如果其只是微小的食物残渣慢慢堆积而成，其可以在饭前饭后以漱口为主，都可以清出来。如果清不出，可以考虑用剜匙或者镊子将比较大的扁桃体结石去除。
扁桃体结石是可以根治的。扁桃体结石在临床上的发病率报道不一。通常多发生于扁桃体隐窝口或者是扁桃体实质内。是扁桃体表面的隐窝口发生堵塞，致使坏死细菌、脱落上皮细胞以及食物残渣逐渐堆积，慢慢随着钙盐沉淀机化，最终形成了扁桃体结石。对于隐窝口处的扁桃体结石，可以通过反复的清理去除。如果要求根治，那只有考虑同时切除扁桃体才可以。
