预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。
肛瘘手术后怎么躺都是可以的，但是不要久蹲、久坐或者是任何行为动作会给肛门过多的压力，因为如果给肛门过多的压力，肛门周围的静脉回流会受阻，血液回流受阻，运行不畅，带来的最直接的后果就是伤口处无法得到足够的营养供应，导致恢复缓慢，甚至是肉芽疯狂生长，但是属于假性恢复。
因为大便干结容易擦伤肛窦，再加上细菌侵入而感染，腹泻者多半有直肠炎和肛窦炎的存在，可使炎症进一步发展。大便干燥硬结，在排便时易擦伤肛隐窝引起肛周感染，腹泻日久，也可刺激肛隐窝发炎，稀便也易进入肛隐窝，诱发肛周感染，因此防治便秘和腹泻对预防肛周脓肿和肛瘘形成有重要意义。
手术以后的饮食就非常重要，首先要进食容易消化的食物，多吃水果和蔬菜，尽量保持排稀便，纠正便秘，适当的进行功能锻炼。并且要避免暴饮暴食，每次在排便之后要及时的进行清洗，并且找医生进行换药。
肛瘘进行手术后，是比较简单的肛瘘，住院10天左右就可以恢复，如果是比较复杂的肛瘘可能20天左右才可以恢复，在恢复期间每天都需要消毒、清洗、换药才可以加快恢复速度。
