对于脑干脑炎的患者，要先确定病因，其次要找到病因，比如病毒脑炎，霉菌性脑炎，细菌性脑炎，寄生虫性脑炎，免疫系统脑炎等。
要做好颅内核磁共振和脑脊液的病理检查和细胞学检测，明确病因，采取降颅压、抗感染、激素、免疫抑制剂等药物进行治疗，对于脑干脑炎要进行及时的处理，以免导致呼吸、心脏停止、各种并发症的发生。
脑干脑炎通常比较难治好。
脑干脑炎属于严重的脑炎，虽然一般不会出现后遗症，但脑干脑炎属于一种比较严重的神经系统感染性疾病，要想根治就很困难。在治疗时，需要使用抗感染药物、脱水剂、抗病毒药物，可以静脉注射丙种球蛋白激素。一般来说，脑干脑炎很少会出现反复发作的情况。治疗期间，患者要注意保暖，避免着凉，避免感冒，要保证充足的睡眠，同时要多吃蔬菜和水果，补充维生素，提高身体素质。
想要诊断为脑干脑炎，须结合病人病史，体检、对应辅助检查方可诊断。通常可在头颅上进行磁共振检查，若病人有脑干之病灶，经头颅磁共振检查，特别是平扫+强化检查，可在病人脑干上找到某些病灶。另外还有就是脑嵴液和血液等相关的检查和分析也非常重要，因为这些都能够对脑干脑炎做出明确的诊断。另外，需配合病人脑脊液检查，例如可采用腰椎穿刺的方法，留脑脊液作相应检查。在脑嵴液中也会有很多病毒或者蛋白成分，这些都可能导致出现脑膜炎等并发症。如病人的颅内压相对较高，细胞素相对较多，接着病人生化，特别是脑脊液有异常现象，通过检测相应抗体，并对部分细菌进行了培养，病人配合头颅磁共振之检查，它可诊断为脑干脑炎。
脑干脑炎是一种由脑干和周边部分的炎症所致。目前临床上认为，脑干脑炎是由自身免疫和病毒引起的。由于炎症引起的脑干，小脑，神经受到损害，会出现头晕，恶心，呕吐，意识障碍，共济失调等。因为该病是由自身免疫及病毒所致，与细菌感染没有关系。因此，在治疗的时候，可以采用糖皮质激素+丙种球蛋白，并针对患者的其它症状进行相应的治疗。
可出现眼睑下垂等动眼神经瘫痪现象。由于肿瘤向背侧发展、所致第四脑室或中脑导水管的狭窄或闭锁，早期可出现颅内压增高现象，常有头痛、眩晕、躁动不安和伴有恶心与呕吐等。
