通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
卵巢囊肿是生理性的囊肿，一般都是生理性的，一般都是生理性的，不会对胎儿的发育造成任何的影响，一般不需要特别的处理，定期复查，如果囊肿的直径超过5cm，可以在妊娠的中期进行手术。平时要多喝热水，多吃一些新鲜的蔬菜和水果，避免食用辛辣刺激性的食物，做好孕期的各项检查，保证充足的睡眠，并且保持良好的情绪。
怀孕卵巢囊肿一般需观察孕十二周，因妊娠后亦可并发黄体囊肿。卵巢囊性肿瘤是一种罕见疾病。黄体囊肿可随妊娠持续而自行变小，甚至消失。若是有恶变的可能时必须立即就医检查。最近若发生良性囊肿伴出血，不是扭转破裂，也不是疑似恶性的。若是子宫内膜异位而引起不孕时必须立即就诊。无论妊娠哪期，均应积极手术，以免耽误病情。卵巢是孕育胎儿最重要的场所之一，而子宫则对卵子起着保护作用。妊娠12周以前，卵巢囊肿手术不容易，由于妊娠12周前胎盘尚未形成，无法产生充足孕激素，无法维持胚胎发育。此时子宫内膜已开始增生并有成熟细胞分泌出大量孕酮，这时若对胎儿已经发生影响，就应及时终止妊娠。
建议孕妇保持良好的心态，主要休息，主要合理饮食。
可以局部热敷，不要反复的揉搓按摩，必要时可以穿刺将里面的液体抽取出来。如果囊肿比较大，需要进行手术切除，然后进行病理检查。腿弯处长了个囊肿有可能是腘窝囊肿，与关节腔相通的，关节腔内的大量积液会通过一些通道跑到关节腿弯的后面，出现囊肿。
如果巨型的卵巢囊肿超过5公分，且随访观察2个月没有明显减小，这时候使用药物治疗没有明显的效果，患者一般是需要进行手术治疗的，手术分为单纯的囊肿剔除术和附件切除术，都可以在腹腔镜下进行，就是在下腹部打三个小眼创建人工气腹，在腹腔镜的辅助下进行手术。此类手术切口小，对患者的损伤小，患者术后恢复快，如果不进行手术，可能会严重影响患者的生活质量。
