脑部CT和核磁共振相比较，肯定是CT有辐射，而核磁共振没有辐射。因为CT的检查原理是通过X射线来进行扫描，这个检查是有辐射，无论做什么部位都有射线。而核磁共振的检查原理是通过磁场来进行扫描，没有辐射。所以这两个检查的原理不一样，CT有辐射。
一般情况下，小孩做脑CT和核磁共振有一定伤害，但是伤害较小。
小孩做脑CT，通常有一定的辐射损小孩的全身影响是比较小的，因为一次脑CT受到的辐射量通常是有限的，只要不是多次进行，一般不会造成较大的伤害。而核磁共振对于孩子的伤害则相对更小，因为核磁共振的成像一般和射线没有较为明显的关系，因次，也不会对小孩造成较为明显的辐射性损伤。
ct检查相对而言，使用比较方便，比较快捷。主要是产生大量的放射性射线，通过人体了解病变的具体情况。这种放射线对人体是有伤害的。而核磁共振检查不会产生任何的放射性射线。因此对人体的检查过的当中没有任何的危害。与此同时，核磁共振检查还可以多维立体地了解病变的形态。这样可以更好的提高疾病的诊断率。
ct对人体的辐射，自然是最大的。ct是利用X光X线进行CT检查，然后通过电脑进行综合比较，得到的结果。一般的ct检查，相当于几次或几十次的x光照射，因此，如无特别需要，不宜频繁的ct。而核磁共振仪则是将人体内的电磁波信号收集起来，然后用影像来显示。目前还没有相关的医学记录来证明电磁对人体的伤害。
核磁共振和ct，ct辐射大。磁共振是人体细胞内的氢原子核在强大的磁场空间内，产生共振运动，经过一系列重建技术转换成磁共振图像用于临床诊断，所以磁共振是没有电离辐射的。而CT却是利用X线成像原理形成图像的，所以CT是有X线电离辐射的。
脑ct和核磁共振的区别，主要是这两种检查方法的原理是不同的。脑ct主要是通过x线的照射，通过人体不同部位，不同组织的吸收后，有探测器回收信息，然后通过一系列的数模转换，最后由电脑重建得出图像。核磁共振是利用人体内含有的大量水份，将水中的氢离子重新排列，分析不同组织内氢离子的不同排列形态，形成磁敏感成像。
