性功能障碍应加强对性知识的引导，消除对性问题的忧虑和恐惧，纠正错误的性观念和性交方法，使夫妻的性生活协调一致。心理治疗强调个体化治疗，常用的有心理分析、厌恶疗法、全身脱敏疗法、家庭疗法等。主要通过性集中训练，使之逐渐适应，熟悉性交过程，提高自己的性反应意识，充分享受性交的快感，减少对性交的焦虑和恐惧。在治疗过程中，另一方应避免性体验、性自尊和性幻想的不良刺激，避免有害的性吸引活动。耻骨尾骨肌训练对于骨盆底肌松弛或产后耻骨尾骨肌发育不全的妇女尤其有效。
性功能障碍的治疗需要采取综合方法，器质性疾病要积极治疗原发病。加强性知识指导，消除对性问题的顾虑和恐惧，纠正错误性观念及性交方法，使夫妻性生活协调。心理治疗强调个体化治疗方案，常用的有精神分析法、厌恶疗法、系统脱敏疗法、家庭疗法等。
中国传统医学认为，性功能障碍主要与“肾”有关系，而用针灸能够通过经络的作用，纠正肾功能的失常，用来治疗阳痿、遗精等性功能疾病。心理治疗：在探讨阳痿的成因时，归纳为“思想无穷，所愿不得，意淫于外，入房太甚”等几大原因，所以治疗上也必须使用心药。即“凡可以满足人之心愿，解除其心中不可语人之愁闷，谓之心药。”根据病人出现的问题，寻找心理方面的原因，然后再进行疏导。
根据每个病人的情况不同，会采取不同的治疗方法。从医疗角度的方法会有手术治疗，还有一些心理治疗，还有性教育，是出于现在对性问题的一个顾虑和担忧，所以要纠正错误的观念才能够使夫妻间的生活变得更加和谐。还会有物理治疗，如用电动的按摩器刺激男性的生殖器官。
对于肾阴虚证的患者，可以采用滋肾育阴，养血益气的治疗方式，而肝郁气滞的患者，而需给予养血柔肝、理气解郁的治疗。肾阳虚证的性功能障碍可以采用温肾扶阳、填精益气的治法。
性功能障碍可以通过中药治疗，解郁、理气通络、温肾助阳、按摩、电磁振荡及药物导入，通过负压吸引、水按摩、电磁振荡及药物导入等，同时利用中药液按摩及电磁脉冲等，改善神经传导功能。
