性功能障碍的治疗需要采取综合方法，器质性疾病要积极治疗原发病。加强性知识指导，消除对性问题的顾虑和恐惧，纠正错误性观念及性交方法，使夫妻性生活协调。心理治疗强调个体化治疗方案，常用的有精神分析法、厌恶疗法、系统脱敏疗法、家庭疗法等。
男性性功能增勃方法，通过负压吸引、水按摩、电磁振荡及药物导入等功能，导致阴茎肿大和勃起；同时，利用中药液按摩及电磁脉冲等功能，降低龟头的敏感性，改善神经传导功能，增强局部肌肉能力，消除病人心理障碍，增强治疗信心。
根据每个病人的情况不同，会采取不同的治疗方法。从医疗角度的方法会有手术治疗，还有一些心理治疗，还有性教育，是出于现在对性问题的一个顾虑和担忧，所以要纠正错误的观念才能够使夫妻间的生活变得更加和谐。还会有物理治疗，如用电动的按摩器刺激男性的生殖器官。
非器质性就是指不是身体器官或组织机能原因引起的问题。这种功能障碍，与手淫有关系，可以到医院做检查，明确诊断病因以后，按医嘱及时的对症治疗，彻底的戒掉手淫，多参加体育锻炼，多吃壮阳的食物。
性功能障碍主要表现为勃起功能障碍、射精障碍。
射精障碍包括早泄、不射精、逆行射精等，勃起功能障碍是男性常见的性功能障碍。勃起功能障碍与年龄增长有关、性功能逐渐变差、高血压、糖尿病、高脂血症、肥胖、神经系统等基础疾病都有可能导致性功能障碍，长期吸烟，熬夜，酗酒，过度疲劳等不良的生活习惯也会导致性功能障碍，比如抑郁、激素紊乱、乱用抗胆碱类药物等。如果有性功能障碍，建议去泌尿外科或者男科就诊。
男性性功能障碍可以选择对症药物治疗，男性性功能障碍主要包括阳痿、早泄等，可与精神压力过大、生活作息不规律等因素有关。患者可通过药物治疗、生活调整等方式加以改善。
若属阳痿患者，药物治疗可选择万艾可枸橼酸西地那非片，该药是治疗男性勃起功能障碍的一线用药，有利于海绵体勃起时长及硬度改善，使男性达到四级硬度，类似黄瓜，可维持充分硬度30分钟以上，有利于治疗男性性功能障碍。同时，该药物无依赖性，可放心长期用药；如伴有早泄的情况，可选用达泊西汀片、五子衍宗丸等药物加以改善。
此外，因男性性功能障碍发生与生活习惯密切相关，故建议患者平时做好生活护理，建立对疾病的正确认知、减少手淫频次、避免抽烟酗酒、适度控制饮食及个人作息，也可帮助改善性功能障碍，辅助提升性生活质量。
