一般情况下，两岁宝宝半夜发烧39度，可以通过药物治疗、物理治疗、日常护理等方法进行治疗。具体分析如下：
1.药物治疗：两岁宝宝半夜发烧39度，属于高热的范畴，家长可以在医生的指导下使用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚混悬滴剂、小儿豉翘清热颗粒等药物给宝宝治疗。
2.物理治疗：两岁宝宝半夜发烧39度，可以贴退热贴、用冰块冷敷额头、温水擦浴、等，达到物理降温的效果。
3.日常护理：平时多带孩子进行体育锻炼，具有增强体质的效果，还要多晒太阳。
一般情况下，宝宝发烧塞了退热栓不好的原因有以下几点：
宝宝发了烧，用了退热栓，还是没有退热，也没有缓解，这种情况主要见于宝宝体内的致热源仍然存在，那么就会出现炎症的症状。此外，免疫力降低，体内的病毒、细菌、支原体、衣原体等病菌侵入体内，并未被彻底消灭，也容易导致宝宝发烧塞了退热栓不好。
建议家长及时带患儿前往医院就诊，明确病因后对症治疗，切勿拖延。在日常生活中，家长要注意给患儿保暖，让患儿注意休息，同时还应注意其的饮食，避免出现暴饮暴食的情况。
两岁宝宝发烧39℃可以口服布洛芬或对乙酰氨基酚等退热药，同时补充液体量，多喝温热水。
除此之外，家长也可以给宝宝做物理降温，用温水擦拭颈部，腋下，腹股沟等大血管走行的部位能够帮助退烧，同时可以贴退热贴，但是不建议给孩子用酒精擦拭退热，因为酒精可以通过皮肤吸收，影响孩子对抗生素的使用同时，酒精吸收以后会对孩子的肝脏和肾脏产生毒性作用。
通常情况下，宝宝发烧，家长可以按照医嘱给宝宝用退热栓。具体情况分析如下：
小儿发烧是指体温超过正常范围，一般会出现浑身发冷、疲倦乏力、食欲减退等症状，退热栓是一种退热药物的剂型，宝宝使用的退烧药主要有两种，布洛芬和对乙酰氨基酚，家长可以按照医嘱给宝宝用退热栓能很好的缓解症状，因此家长可以按照医嘱给宝宝用退热栓。
孩子发热主要是由于感染或者非感染因素引起的，绝大部分的发热都是由于感染因素引起的，人体内炎症不下肯定会反复发热。孩子发热，贴退热贴只是物理降温的方式来给孩子降温，因为退热贴主要成分是酒精和水，只是相当于物理降温，作用不是很大。
宝宝发烧退热贴可以贴在额头、腹股沟、耳后、太阳穴、颈部等部位，这些部位存在大动脉血管，能够快速的帮助宝宝身体进行散热，有助于身体的快速降温，从而改善宝宝发烧的症状，缓解不适的症状。
建议家长给宝宝贴退热贴时，要避开皮肤黏膜破损处，以免导致感染，还要医生的指导下进行，掌握好时间，不要超过8小时，以免对皮肤造成影响。
