治疗的方法有，发病后4.5小时之内到达医院，确定诊断后可以应用静脉溶栓治疗，给予尿激酶100单位至150单位，静脉溶栓治疗。如果超过4.5小时，在6小时之内可以启动动脉溶栓进行治疗。经股动脉穿刺，将动脉导管放置在脑干血管堵塞处，给予尿激酶溶栓治疗是积极的治疗方法，在溶栓治疗后24小时或者不适合溶栓的病人，应该启动抗血小板治疗。
通常来说，脑干血栓不能恢复好。
脑干是人体的生命中枢，支配着人体的呼吸，心脏，消化等生理功能，而脑干血栓是比较危重的急性病,脑血栓形成损害了脑干,引起了颅神经的变化,引起中枢循环、呼吸的变化,引起了椎体束变化,也就是影响了肢体的运动功能及感觉障碍，还可能会造成严重的肢体功能障碍，而且通常不能恢复好。
如果得了脑血栓，想要溶解血栓，首先要抢时间，在最快的时间里进行治疗，可以使用溶栓的药物，急性的血栓有比较好的治疗效果，对慢性的血栓治疗效果比较差，要通过平时的饮食来促进病情恢复。
通常平时可以吃清淡、细软、含丰富膳食纤维的食物，可以采用蒸、煮、炖、熬、清炒、氽、熘、温拌等烹调方法，通常不适宜煎、炸、爆炒、油淋、烤等方法。脑血栓饮食尽量少食用高钠，高脂肪食物，而且通常在情绪上也要注意。多喝水。
可能是指眼底血管出现血栓，可以去看眼科医生检查眼底血管。可能是视力下降，看事物很模糊，还会有一些疼痛。三高的人才容易出现。每天应该清淡饮食多喝白开水，少吃油腻食物。不要熬夜和用眼过度。多做一下眼球转动。