性功能障碍治疗可用物理治疗，电动按摩器可以促进男性射精。使用振荡器、阴茎模型可增加女性的刺激。治疗勃起功能障碍，首选PDE5抑制剂，雌激素替代治疗可增加阴蒂的敏感性和性欲，减轻性交疼痛。对于有焦虑情绪或抑郁症等心理疾病时进行相应的药物治疗。
通常情况下性功能障碍是指的勃起功能障碍和早泄，是严重影响性生活质量的，导致性生活无法进行，或者是并不是很顺利，甚至会影响夫妻关系和男性的自信。但是否具有生育能力是由于精子质量所决定的。所以只要精子质量是正常的，就具有生育能力。
功能障碍病人可以吃以下几种食物：富含维生素A的食物有胡萝卜、菠菜、小白菜、韭菜、苋菜、西兰花、空心菜、芥菜、苜蓿、马兰头、金针菜、茴香菜、芥蓝、杏等。维生素B6对调节脂肪及脂肪酸的合成，抑制皮脂分泌，刺激毛发再生有重要作用。富含维生素B6的食物有马铃薯、蚕豆、青鱼、橘子、芝麻等。
在中医上，药疗和食疗是不分家的，可以同时进行。性功能障碍既有内服药，也有外用药，在古代是外用药物远多于内服药物。外用药治疗性功能障碍是通过将药物涂抹在阴茎上或用药物洗阴道。但现代主要是通过内服药治疗性功能障碍。具体的治疗性功能障碍的中药需要根据病症来定，因为中医讲究对症治疗，因此存在性功能问题者，应尽早到正规医院进行对症治疗。食疗方法可以摄入优质蛋白质、脂肪，以及维生素和微量元素的定量补充。
早期性功能障碍的症状主要有性欲障碍，包括性厌恶、性欲低下、性欲亢进。有阴茎勃起功能障碍，主要是指阴茎持续不能达到和维持充分的勃起以获得满意的性生活。还有性交障碍，表现为性交昏厥、性交癔病、性交猝死、性交恐惧症等。出现了这样的症状，要及时就医。
不同类型的性功能障碍症状不相同，因此治疗性功能障碍的费用不能一概而论。不过疗性功能异常的费用大家都能接受。治疗多少钱只是一方面，更重要的是到正规的医院，接受科学疗法的治疗，这样才能保证良好的效果。在正规医院经过医生检查病情后，才能确定治疗性功能异常的具体的费用。
