一般术后住院10-14天。如果腘窝囊肿较大，而且腘窝囊肿与胫神经、胫动脉发生粘连，在术中如果出现胫神经副损伤，比如病人出现下肢的皮肤感觉减退、刺痛、肌肉无力，甚至足趾活动明显受限。病人的住院时间会延长。
一般需要住院3天-5天可以出院，十天后可以拆线。术后早期住院观察治疗，避免继发性细菌感染，给机体带来不适反应现象。注意休息避免劳累，固定患部减少活动，加强营养增加抵抗力，及时给予消炎对症处理，按时复查处理及康复锻炼身体，早期恢复健康。
腘窝囊肿属于良性的包块，如果只是单纯的包块，没有压迫血管神经引起肢体麻木，疼痛或者缺血表现，可以观察。但是如果伴随明显的神经血管压迫，需要考虑手术治疗。腘窝囊肿可以通过彩超，磁共振检查判断囊肿的大小和范围。而且需要和其他的包块比如脂肪瘤，血管瘤等鉴别，术后可以常规的病理检查判断包块性质。腘窝囊肿术后也存在复发的可能性。
不想手术消除腘窝囊肿就必须多注意休息，热敷烫洗，就能够使关节积液得到充分的吸收，囊肿就会逐渐的变小。但如果囊肿逐渐增大，引起了膝关节的活动功能受限，甚至压迫到了血管神经，还是需要进行手术切除的。
腘窝囊肿这个病最有效方法就是行手术切除，只要术中仔细、认真，完全可以把囊肿完全切除（主要是囊肿的基底部，需要切除部分滑膜），术后很少会再次复发。还需要再次手术，再到其他医院或者再另找一位有经验的骨科医生为做手术。虽然因为第一次的手术导致局部组织粘连增加了二次手术的难度，但是只要术中保护好腘动脉，其他操作并非很困难。
