胃肠道间质瘤需要手术治疗，要求R0切除，术后还要进行辅助化疗、一系列的治疗，胃肠道间质瘤术后有复发率，常规胃肠道间质瘤的复发率很高，一般在40%-90%，原发病灶比较孤立或者小的病灶，复发率是35%。
胃间质瘤良恶性鉴别根据低度恶性，如直径为几毫米的胃间质瘤，通常判断为低度恶性或趋于良性，此类肿瘤往往只需定期检查；还有中度恶性：若肿瘤直径达到2-3cm，则判断为中度恶性，此时需通过手术进行治疗。其次是高度恶性：若肿瘤达到5cm以上，则为高度恶性，需及时进行手术治疗，以防危及生命。
胃肠间质瘤是恶性肿瘤，大部分的胃肠间质瘤恶性程度不是很高，治疗方法主要是手术切除及靶向药物治疗。现在诊断是胃肠间质瘤的情况下需要及时的手术切除及病理化验，如果胃肠间质瘤直径大于5厘米的症状下，术后一般需要口服靶向药物如格列卫，预防肿瘤复发及转移。
胃肠道间质瘤是比较容易复发的，特别是一些高危患者，如5公分以上，核分裂>5/50高倍，手术的时候有破溃，非常容易复发。所以这也是术后推荐靶向治疗的原因。术后复查是非常重要的，因为比较容易复发，做过胃肠道间质瘤的手术以后，如果是中高危的患者，术后1个月开始靶向治疗，每3个月做B超，CT6个月左右做1次。胃镜或者肠镜1年左右做1次。2-5年之间每半年做1次复查，5年以后每1年做1次复查。
胃间质瘤同时具备良性特质与恶性特质，无法简单判断其良恶性。根据肿瘤的大小，将胃间质瘤区分为，低度恶性，中度恶性和高度恶性。直径为几毫米的胃间质瘤，判断为低度恶性或趋于良性，此类肿瘤往往只需定期检查。肿瘤直径达到2cm-3cm或以上为中度恶性，此时需通过手术进行治疗，以防危害生命。
胃间质瘤术后肝转移的处理办法如下：
肝转移发生后的治疗方法取决于患者具体病情，是出现同时性转移还是异时性转移。同时性肝转移，原发病变可切除，转移灶局限者，通常选择原发灶、转移灶切除手术。如肝脏转移广泛，甚至合并其他部位转移，通常需要进行活检，明确诊断后采用药物治疗以及定期进行影像学评估，如能达到根治性手术，可以考虑手术治疗，不能手术切除者，可以考虑射频消融治疗。
