巧克力囊肿的护理要保证充分的睡眠：每天早起早睡，可以使皮肤变得更好，而且卵巢也会更健康。还可以适量喝些红酒：红酒可以促进卵巢活性，从而提高卵子的质量。多吃一些一些豆腐豆浆及豆制品，因为里面含有大量的植物蛋白，可以让卵巢更结实，卵子更健康。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位的一种。一般药物治疗是没有什么效果的，目前看是囊肿不大，可以先观察，暂时不用手术治疗，只要是没有明显增长就没事。建议平时养成良好的生活习惯，不要熬夜，适当锻炼，月经期不要同房，避免发生阴道炎或是加重病情。
卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调，在不孕的女性中，子宫内膜异位造成的不孕占有很高的比例。慢慢的会形成巧克力囊肿，甚至细胞变性的可能性。目前需要手术治疗。
巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗，应根据病人年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求、主观愿望等因素加以选择，强调个体化治疗。有生育要求的轻度囊肿明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能手术；年轻但无生育要求的可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗。
以及治疗预后不一样，中医与西医见解不同，西医认为子宫内膜异位症属于雌激素依赖性疾病，治疗采取口服类雄性激素药，不同年龄不同生育要求治疗建议中医认为该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉，影响冲任，致使经血不调，运行不畅，影响水液代谢，痰瘀是产生子宫内膜异位症症状和体征的关键。所以要慎重根据自身的状况来选择治疗。
巧克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。可以去专业正规的医院进行检查和治疗。日常饮食应以清淡食物为主，多食有营养的食物，如鸡蛋、豆腐、瘦肉等。忌食生、冷和刺激性的食物。
