宫颈腺囊肿如果是由于宫颈的生理性变化引起的，一般不需要进行特殊的治疗。如果是颈的慢性炎症、宫颈局部的损伤，从而使宫颈腺管口狭窄引起的，患者需要在医生的指导下给阴道上药来治疗慢性的宫颈炎症，常见的药物有保妇康栓、消糜栓、坤净栓等。当囊肿比较大时，患者还可以在医生的指导下进行手术，通过手术直接把囊肿戳破来达到治疗的效果。
乳腺增生囊肿等，症状较轻者，通常无需特殊处理，经常观察即可，需经常到医院就诊或复诊。
乳腺增生性疾病又称乳腺囊性增生症，乳腺病，是女性的一个常见病，多发病，主要与体内的雌激素孕激素比例失调有关。如果患者患有高血泌乳素症，那么在这种状态下，就要注意了。如病症较明显，可口服给药缓解，亦可采用手术切除，并送检病理，排除乳腺癌。对于已经确诊为乳腺增生症的女性来说，应该采取积极有效的措施来控制病情的发展，这样才能够更好地治疗疾病。乳腺增生症主要是因为激素水平失调引起的，并使腺体增殖，复旧等改变所产生一系列病症，若病人能在平常保持良好的生活习惯，早睡晚起，适当缓解压力，不发火，保持心情舒畅，所穿内衣应选用舒适、宽松内衣，内衣要勤换勤消。
通常情况下，阴囊皮脂腺囊肿可以通过手术治疗。
阴囊皮脂腺囊肿是一种良性病变，并不是很大，也不会对病人造成什么影响，所以可以先观察一下。如果这种情况在短期内发展得很快，可能会给局部带来压力，出现坠胀的感觉，那就需要手术切除了。阴囊皮脂腺囊肿在手术的时候，可以选择少量的病理组织进行检查，以排除恶性的可能性，但这种可能性很小。
子宫颈腺囊肿绝大多数情况下是子宫颈转化区鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈腺管口或伸入腺管将腺管堵塞，导致腺体分泌物引流受阻，潴留形成囊肿。另外，子宫颈局部损伤或者慢性炎症使腺管狭窄也可导致子宫颈腺囊肿形成。一般没有症状的腺囊肿可以不用处理，如果有白带增多等可以局部用药。
卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
腱鞘囊肿治疗方法有手术与非手术治疗两种，在这些腱鞘囊肿中，有一小部分病人可自行消退，但是有些病人在经过各种治疗后仍复发，非手术治疗和保守治疗的复发率比较高，但是这类方法的创伤最小，容易为病人所接受，临床可作首选治疗。
可经挤压致使腱鞘囊肿断裂而渐渐自行吸收，但在治疗之后，可反复发作，连接关节腔不易断裂，可通过穿刺将囊液拔出，再加压按压或拔出囊液，送入肾上腺皮质激素进行局部加压包扎，一般均能起到治疗作用。
手术治疗是指在其他治疗无效的情况下，腱鞘囊肿可手术摘除，但仍存在不同程度的复发机会，故术后需避免病部关节不断重复连续运动和剧烈运动，为了避免再复发的可能性。
