骨囊肿的临床表现有局部隆起、疼痛等，建议到骨科就诊治疗。
大部分骨囊肿出现在肱骨近端及股骨近端，其临床表现可以为肢体局部隆起，小部分患者会感到疼痛，大多数患者往往因病理性骨折就诊而诊断为骨囊肿。而生长在关节附近的骨囊肿可影响关节活动度，长在跟骨的骨囊肿患者则可能会出现疼痛，步态异常，甚至不能行走，严重影响日常生活。
一般情况下，腱鞘囊肿的临床表现有局部肿胀、溃破等。
腱鞘囊肿都是由患者自己检查发现的。用手指一碰，就会有一个凸起，这说明是腱鞘囊肿，一般没有任何疼痛的症状，但是也有少数病人会感觉到不适，比如局部肿胀，皮肤膨胀，皮肤变得很厚等。有些部位，就像是手掌上的掌指和手掌上的腱囊，都是比较圆形的，不容易移动，偶尔还会感觉到疼痛。
直肠肛管周围脓肿常有的症状是：先感到肛门周围出现了一个小硬块或肿块，继而疼痛加剧、红肿发热、坠胀不适、坐卧不宁、夜不能眠、大便秘结、排尿不畅成里急后重等直肠刺激症状。并随之出现全身不适、精神疲惫乏力、体温升高、食欲减退、寒战高热等全身中毒症状。
肛门囊肿，是一层包膜包裹着一些类似于豆腐渣样的东西，这些豆腐渣样的内容物，就是肛门囊肿的内膜分泌的皮脂。堆积的皮脂很容易引起细菌繁殖，使局部产生慢。性炎症。当某种因素导致炎症扩散，肛门囊肿就形成了肛周脓肿，药物治疗是没有效果的，必须手术切除。
输尿管囊肿的症状无论原位或异位输尿管囊肿，主要的临床表现是尿路感染，因而病人常以尿急、尿频、尿痛、血尿以及发热等为主诉而就医。而异位输尿管囊肿多发于儿童，感染往往严重，甚至发生尿脓毒症，有时会因囊肿阻塞膀胱出口，乃致尿潴留。年龄稍大些儿童，可诉腹部或腰部疼痛。少数病人，由于内括约肌遭受伤害，可发生尿失禁。
卵巢囊肿临床表现不包括分泌物的异常等，主要表现就是月经失调或者腹部疼痛的，但是每个女性的表现都是有差异的，所以应该积极安排彩超检查确诊病情后开始做治疗，这段时间多休息。
