治疗巧克力囊肿应先到医院，按中医方面属于气滞血瘀方面的问题导致的。可以用一些相关的中药治疗，比如促进气血通畅，活血化瘀之类的药物。可以坚持这方面的调理治疗，注意观察，需要一个过程还是可以慢慢恢复，不会特别严重的。
导致巧克力囊肿最严重的原因有：一，生理原因：女性的子宫内膜在正常的情况下面是在宫腔之中生长的，生理期的到来，其会剥落之后重新开始增厚生长。随着长在卵巢位置的内膜不断增厚，淤积的内膜会越来越多，使得卵巢的位置出现了囊肿。内分泌因素：卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，多发生于内分泌旺盛的生育年龄。例假就没了，造成垃圾排不出来，在卵巢里形成了囊肿。
卵巢巧克力囊肿，是子宫内膜异位到了卵巢引起的。直径在5厘米以下。囊壁容易反复形成小的破裂，破裂后囊内容物刺激局部腹膜及卵巢呈炎性反应，导致卵巢破裂处与周围组织黏连，导致卵巢固定在盆腔内。时间长了，还会引起输卵管粘连阻塞。一旦确诊是卵巢巧克力囊肿，还是尽早手术，防止时间长影响输卵管功能，影响生育。中医治疗效果不太好。
巧克力囊肿坚持做仰卧起坐，能有效地锻炼腹部肌肉，可以提高人体的抗病能力，每天锻炼。慢跑也适合巧克力囊肿，坚持慢跑能促进人体新陈代谢，可以帮助身体排毒，可以提高自身的免疫功能。
本来是应该只存在于子宫内，子宫内膜具有根据体内激素水平的变化周期性增殖、脱落而形成月经。子宫内膜出现在别的地方。出现在其他地方的子宫内膜也和处于子宫内的子宫内膜一样，具有周期性增殖、脱落的规律。
巧克力囊肿比较大了，本身药物治疗效果就不好，现在这么大了，应该更没有什么效果，不愿意手术就服中药，但是最多只能尝试2个月，如果没有效果就尽快手术，久了对卵巢功能破坏更严重，还会引起附件粘连，影响生育。可以做腹腔镜手术，创伤小，恢复快。
