新生儿接种乙肝疫苗需要在第一天接种第一针，第二针在30天内打第二针，180天打第三针。
现在普遍认为三次乙肝疫苗能够促进人体的免疫，从而降低乙肝病毒的感染几率，降低母亲的垂直传播的危险。不过，接种了乙型肝炎疫苗并不意味着就能得到保护的抗体，而保护性抗体的生成与自身的免疫力有关，因此需要在一周岁左右做一次血液检测，检测到乙肝两对半，以确定是否得到了保护的抗体，如果乙肝表面抗体为阴性则需要进一步接种。
新生儿接种乙肝疫苗的时间为出生后24小时内接种第一次，然后分别在1月龄、6月龄的时候再次接种，共3次。乙肝疫苗接种同样有一定的禁忌证，如携带乙肝病毒、对疫苗的成分过敏、患有神经系统疾病、重度营养不良、先天性免疫功能缺陷、正在使用免疫抑制剂等人群禁止接种乙肝疫苗。
新生儿的乙肝免疫球蛋白最好是在出生的时候就注射。
新生儿对乙肝病毒没有免疫力，需要主动免疫和被动免疫，乙肝免疫球蛋白是被动免疫，而乙肝疫苗是主动免疫。如果母体HBV-DNA、HBsAg、HBeAg均为阳性，则必须同时使用两种药物进行新生儿免疫。新生儿的HBV免疫球蛋白必须在出生后12个小时内立即进行。
一般情况下，新生儿乙肝第二针哭闹不需要特殊治疗。
个别孩子会出现轻微不良反应，如注射局部疼痛、恶心、腹部不适、腹痛等，孩子年纪幼小，就会通过哭闹表达身体不适，一般来说，这些反应持续2～3天就会消失，不需要特殊处理，如果孩子出现哭闹，可以加强一下安抚，注意观察孩子的病情变化，一般来说可以在短期内逐渐的好转，如果哭闹加重，或者出现一些特殊情况的时候，应该及时到医院就诊处理。
新生儿乙肝是指新生儿期感染了乙型肝炎病毒。
新生儿乙肝是由乙型肝炎母亲通过母婴传播或围产期传播引起的。新生儿乙肝发病缓慢，临床上少见。婴儿乙肝阻断注射顺序：婴儿出生后12小时内应注射乙肝免疫球蛋白，同时注射不同部位的乙肝疫苗。乙肝疫苗接种的程序是0,1,6个月。该方案实施后的保护率为95%。接种完疫苗可以查乙肝表面抗原。