对于胆总管结石的治疗，主要根据结石的大小以及患者的身体状况来综合确定。如果结石比较小（＜2cm），同时患者身体状况也比较好的情况下，可以尝试进行经口取石头，也就是说ERCP取石治疗。但是如果结石大于两厘米，需要通过手术治疗。手术治疗的话可以采取微创腹腔镜手术治疗，以及开刀手术治疗，进行胆总管切开取石t管引流手术。
胆总管结石微创手术需要2万元-3万元，胆总管的微创手术分为T管引流术和ERCP，其治疗费用相差不多，两种手术方法均是微创手术，但具有较大差别，T管引流术后患者胆道内放置的T管需破腹壁引流，2-3个月后T管方可拔出，对病人生活造成极大困扰，ERCP通过内镜下的胆总管结石取出术直接将其取入肠道，术后放置极细的鼻胆管引流，病人痛苦小，病情稳定情况下2-3天即可拔除。
胆总管结石能否排出，取决于石块的大小与胆总管下段开口大小。小于3mm的结石可自然排出，但是当乳头部有水肿或压迫时，管腔变小，则结石很难排出，造成相应症状。结石直径超过5mm会造成梗阻，导致胆总管下段堵塞，上段扩张。如果合并有细菌感染会出现发烧、腹痛等症状。
一般情况下，胆总管结石可以排出，具体内容如下：
胆道结石能从身体里排泄出来。胆总管的结石因其大小而异，若胆囊结石的体积较小，则胆管抽搐或胆管炎症则有可能将其排出；如果胆囊内有很大的肿块，就有突然的腹部疼痛和胆汁分泌的现象，但是如果在取石的时候，病人的胆道内没有胆囊内的结石，这就说明病人的腹部疼痛可能是一个排石的过程。所以，应将病人的病情向医师报告，以便医师作出正确的诊断。
如果是胆总管结石急性发作期，可以考虑给予抗炎、退热、退黄、补液、补充离子等这些保守治疗。如果急性期过了以后，可以考虑择期进行手术治疗。手术可以采取ERCP胆管取石，在进行保守治疗的时候，效果不是特别好，也可以考虑经皮作肝穿刺胆管引流，也可以下鼻导管进行鼻胆管引流，引流以后会缓解急性期症状。
结石微创手术恢复时间，依据手术方式不同而各不相同。如肾脏结石，通过输尿管软镜碎石手术，手术第二日即可下地活动，住院观察3-4日即可安排出院。经皮肾镜手术治疗肾结石，则术后需要卧床3天左右，手术后7-10日观察无碍方可出院。
