通常情况下，儿童腘窝囊肿是滑囊疾病、膝关节炎、半月板损伤等原因引起的，具体分析如下:
腘窝囊肿指腘窝深部滑囊肿大或膝关节滑膜囊向后膨出的统称，引起膝后部疼痛和发胀，并可触及有弹性的软组织肿块。儿童腘窝囊肿的病因和发病机制极为复杂，至今未完全阐明，多与滑囊疾病、膝关节炎、半月板损伤等有关,建议家长带孩子去医院检查，明确病因，然后对症进行治疗。
风湿性关节炎。风湿性关节炎与人体溶血性链球菌感染密切相关，且感染途径至关重要，咽部链球菌感染是发病的必要条件。类风湿关节炎与遗传、细菌及病毒感染、环境因素包括吸烟有关。痛风性关节炎。痛风是嘌呤代谢异常致使尿酸合成增加而导致的代谢性疾病。肾功能异常是由于肾脏的尿酸清除率下降也会引起尿酸水平上升。血浆中的尿酸达到饱和，导致尿酸单钠结晶沉积在远端关节周围相对缺乏血管的组织中。这种结晶的出现可导致单关节或者多关节的急性炎性滑膜炎。
腘窝囊肿临床上大部分是由关节积液压力后渗形成的，也是临床常见而病情不是很严重的疾病，不会导致临床症状的出现的，只要不出现感染对人体没多大危害，也不用太过担心，不存在恶变，或者定期复查了解囊肿的位置大小的变化。
腘窝囊肿如果较小，并且无明显症状，可以暂时不用任何治疗，继续观察就行，期间注意避免膝关节过度伸屈，以免使囊肿体积变大。如果腘窝囊肿体积较大，影响到膝关节屈曲，或者压迫到局部神经血管，出现小腿的缺血症状或者小腿神经症状，如麻木、放射性疼痛等，则需要手术切除。
主要是由感染免疫和遗传有一定的关系，主要是各种感染作为外来抗原，作用于具有遗传背景的人群，激活细胞，引起组织损伤和变性。以慢性关节滑膜炎为主要特征，同时伴有全身多个脏器器官功能损伤，也是造成小儿时期残疾和失明的重要原因。
腘窝囊肿跟过度劳累或局部肌腱肌肉等软组织炎症有关，中医方面用中医辨证论治，对证治疗，如用活血化瘀，健脾利湿，消肿止痛的方药，外用舒筋活血的药物外敷会有所好转。
