对于脑干梗死的病灶，它是不能够治好的。因为脑干梗死以后，它不能够恢复到和脑干梗死之前一样的状态，梗死以后，梗死病灶会被一些胶质细胞所替代，形成胶质瘢痕。但是患者是否能遗留后遗症，这需要看脑干梗死的位置、梗死的大小。
脑干的功能主要是调节呼吸和心率等重要的神经中枢，如果受损，必须靠呼吸机维持，相当于植物人，植物人是一种只能依靠医疗设备，维持生命的昏迷患者，如果脑干受损所导致的昏迷，醒来的几率几乎很小。
脑干出血后遗症多会表现为颅神经异常，眼球活动异常，眼球内收障碍、外展障碍，瞳孔可能也会出现异常，如果影响三叉神经脊束核，患者会出现改面部感觉异常，如果影响到面、舌神经核，可以出现面瘫，主要是中枢性面瘫，还有舌瘫伸舌偏向一侧。如果影响了双侧锥体束，患者会出现肢体无力、偏瘫。如果双侧受累就会出现四肢瘫。总之脑干的后遗症的临床表现，主要根据受损部位的不同而表现不同。
脑干梗死的病人恢复会留有一定后遗症，但是也有部分患者能够康复的很好。对于脑干梗死的治疗，在急性期应尽快恢复血供，拯救半暗带，尽可能减少梗死的范围，然后给予改善循环、营养神经等治疗。在药物治疗的同时，注意给予康复训练。
治疗的方法有，发病后4.5小时之内到达医院，确定诊断后可以应用静脉溶栓治疗，给予尿激酶100单位至150单位，静脉溶栓治疗。如果超过4.5小时，在6小时之内可以启动动脉溶栓进行治疗。经股动脉穿刺，将动脉导管放置在脑干血管堵塞处，给予尿激酶溶栓治疗是积极的治疗方法，在溶栓治疗后24小时或者不适合溶栓的病人，应该启动抗血小板治疗。
脑干的损伤，是否能苏醒、何时苏醒都是不能预测的。对于低血压患者饮食营养方面应给予高营养、易消化和富含维生素的饮食：适当补充维生素C、维生素B族和烟酰胺（维生素PP）等。