自身免疫性脑炎的早期症状多，与其所在的中枢神经系统相关，其临床表现为精神和行为的不正常。
亚急性发作的临床表现以认知功能障碍、精神失常为主，表现为幻觉、幻听、亢奋、意识下降、说话不清楚等，临床上往往与自身免疫性脑炎相混淆。自身免疫性脑炎需要密切关注患者的自身免疫状况，以及治疗的效果，同时还要注意观察患者有没有什么后遗症。自身免疫性脑炎需要结合病史、体格检查、脑脊液等方面的检测。
精神异常，行为异常，部分病人无特殊事件刺激和诱发因素，且无典型家族史，突然出现的精神行为异常，还可出现焦虑，抑郁的神经心理表现，易被误诊和漏诊。癫痫发作，如LGI1脑炎，表现为面-臂肌张力障碍性癫痫发作，病人一侧上肢或下肢抽动样发作，同时伴同侧面部抽动，甚至走路反复摔倒。认知功能下降，表现为进行性近事记忆下降，工作记忆下降，易漏诊。
自身免疫性肝炎是一种特殊类型慢性肝病。其性别、年龄分布与红斑狼疮相似，且常伴有肝外症状，甚至可见“狼疮”现象，因而推测其发病与自身免疫有关。主要症状早期有肝大、脾大、黄疸、蜘蛛痣等表现。做全面检查，然后使用免疫抑制剂进行治疗基本上都是可以得到缓解的，饮食上少盐少糖少脂肪摄入为主。
自身免疫性脑炎主要有头痛、头晕、发热、反复抽搐、恶心呕吐、咽喉痛、乏力、腹痛、腹泻等一般症状。严重者可出现颅内压增高引起的嗜睡、颅内压增高、意识障碍、偏瘫、麻痹、脑疝等症状。
自身免疫性脑炎是由免疫系统紊乱引起的体液或细胞免疫介导的中枢神经系统自身免疫性疾病。AIE的主要表现为精神症状、认知障碍、运动障碍和癫。病人在康复期间整天保持清醒。
自身免疫性肝炎，多见于女性。会出现肝部不适或者是恶心、呕吐、消瘦。食欲下降、黄疸、蜘蛛痣等情况出现。可以做肝功能检查，配合做肝胆彩超，腹部彩超检查。后期可能会出现腹水。