短时间内可以使肝功转氨酶一过性升高，对于骨髓造血系统有抑制作用，短时间内白细胞和中性细胞数、血小板可有一过性的下降。可能会出现轻度下腹部酸痛不适，阴道灼热感，阴道分泌物增多，一过性发热、过敏反应，但是停止用药后会，症状自然消失。
保妇康栓和干扰素凝胶有区别。保妇康栓和干扰素凝胶治疗的病原菌不同。保妇康栓是治疗老年性阴道炎、霉菌性阴道炎以及宫颈糜烂的药物。干扰素凝胶是抗病毒的药物，主如果是宫颈糜烂伴有HPV感染，是可以应用干扰素及保妇康栓交替治疗。
干扰素是病毒诱导自身细胞产生的一种糖蛋白，具有调节免疫，抑制肿瘤细胞增殖、抗病毒等多种作用。外用剂型如干扰素凝胶，可以治疗由于病毒引起的皮肤疾病如带状疱疹、口唇疱疹等疾病。
重组人干扰素a2b凝胶可以提高皮肤局部抗病毒的能力，有助于尖锐湿疣的治疗，临床上多用于感染了人类乳头瘤病毒激光手术以后，也可以用于口周疱疹或者生殖器疱疹的治疗。治疗宫颈糜烂时个别患者偶可出现轻度瘙痒、下腹部坠胀、分泌物增多表现，皮肤外用时偶见轻度瘙痒、灼痛，不需终止治疗可自行缓解。
乙肝干扰素通常需要打一年左右，但具体注射时间需要根据具体病情来判断。
乙肝打干扰素的疗程通常要看具体的情况。在注射干扰素的过程中，如果病毒的浓度降低的比较好，表面抗原的含量降低的比较好，一般打一年左右即可。如果一年之后，表面抗原的含量还在不断的降低，那么可以通过延长疗程来促使乙肝表面抗原的转阴，可以延长至72周-96周。但如果使用干扰素不起作用，可以在3个月后停止使用，可以服用核苷类的药物。
