生化妊娠就是精卵结合后没有着床，直接通过阴道排除体外的现象，属于流产的一种原因，生化妊娠愈合良好不会影响以后受孕，而宫外孕是精卵结合后由于输卵管的炎症或子宫内膜的炎症使受精卵没能很好的在子宫内膜着床，从而着床在输卵管或其他部位。
一般生化妊娠是受精卵着床不成功导致的阴道出血，宫外孕流产是宫腔内没有孕囊的情况下有阴道出血。一般生化妊娠和宫外孕自然流产一般是不容易区分的。可能是宫外孕流产出血，一般不容易区分。
生化妊娠是受精卵没有着床就流产了，宫外孕是受精卵着床于宫腔以外的部位，多见于输卵管部位。生化妊娠阴道流血时间比较早，上在月经应该来潮的时间段出现阴道流血，量也类似于一次月经，时间也会和月经来潮差不多，依靠症状不能诊断是否是月经来潮还是生化妊娠。
生化妊娠和宫外孕差别很大。生化妊娠是指发生在妊娠5周内的早期流产。宫外孕就是指受精卵在子宫腔以外着床发育的，以输卵管妊娠最为常见。宫外孕和生化妊娠可以清楚地区分开的，怀孕后要定期到医院做检查。
宫外孕和生化妊娠还是有本质上区别的，女性一生需要经历的事儿都比较多，就有可能会碰上宫外孕，宫外孕一般是说已经怀孕，但是受精卵没有种植在子宫内，而是种植在了子宫之外的其他地方，而生化妊娠是说形成了受精卵，但是还没有种植到子宫内，就已经发现流产了。
要区分异位妊娠和生化妊娠，最重要的是依靠症状和相关辅助检查。从症状上看，异位妊娠常见症状是经期腹痛和阴道出血，腹痛，无异位妊娠流产或破裂，表现为一侧腹胀不适或疼痛。如果发生流产或破裂，则在下腹一侧会表现出剧烈的泪液样疼痛，并伴有休克变化，如血压下降，湿冷，面色苍白，脉搏计数等。生化妊娠有月经停止和阴道出血的症状，但没有明显的下腹痛症状。