引起阴茎短小的原因一般有5种：1、营养没跟上2、肥胖的因素3、阴茎的大小也受温度4、男性包皮过长是常见的现象5、性生活不规律如：过度的手淫也会导致男性阴茎短小的原因，如果男性过度的手淫，就会使肾脏在发育时无能量去壮大发育性器官，形成男性阴茎短小。
阴茎短小满脸痘，可以考虑以下疾病：尖锐湿疣，或者是毛囊炎。如果有性生活史，阴茎上长了小痘痘，要考虑是否是疱疹，如果没有性生活史，考虑毛囊炎症，可以先清洁之后碘伏消毒，观察两天。
婴儿阴茎短小是跟遗传因素和先天性的发育因素有关系。同时这个疾病一般也跟体内激素水平而有关系。出现阴茎短小可以及时到三甲医院泌尿外科做个性激素六项和染色体检查，寻找一下病因。
容易得阴茎短小是遗传原因，一般成年男性的阴茎长度在软的时候是5～6厘米，勃起时长度是疲软时的2倍。如果阴茎疲软时长度小于4厘米，勃起时长度小于8厘米，就称为阴茎短小。目前没有统一的标准。
阴茎短小的现象，要检查一下，看是否隐匿性阴茎或者包茎的现象，大一些要手术治疗的。平时给孩子常清洗一下，再一个也不排除发育不良的可能。考虑自身发育、隐匿性阴茎等的可能，需要去医院小儿外科进一步检查确定原因。
小阴茎（中医）认为是由先天禀赋不足或后天肝肾损伤引起的导致阴茎失养。根据《棠问·上古天真论》男性生殖器官的发育和生殖功能的形成和维持与“天葵”的实质密切相关。“天葵”来自肾脏的精气因此小阴茎的原因主要是肾虚肾阳虚外肾失于温煦而不生长肾精不足阴亏外肾不营养因此与同龄相比阴茎明显短。外肝主宗筋肝之经脉抵少腹.络阴器肝经血脉瘀滞者亦令宗筋不长阴茎短小。
