有出生后不久出现昏睡、呼吸困难和惊厥等，并于数天或数周内死亡。其他症状有意识运动障碍、智力迟钝、肝脾肿大、耳聋和中枢神经系统症状等。只有少数在出生后3个月发生间歇性发热、肺炎和单核细胞增多症。
当宝宝感染巨细胞病毒后引起各脏器损伤而出现的一系列症状，称为巨细胞病毒感染。临床表现有不同程度的发热，给予抗细菌治疗无效，宝宝常有恶心，呕吐，厌食，烦躁不安，消瘦等症状，巨细胞病毒可引起肝损伤，不同层度的黄疸，谷丙转氨酶升高，还可引起肺炎，心肌炎，胃肠炎，可损伤听觉，神经等，甚至损伤机体的免疫机能。
婴儿巨细胞病毒感染可能会好。
婴儿巨细胞病毒感染较为严重，致死率高，除流产、死产外，感染胎儿往往会导致胎儿先天畸形。在出生后，病情较重的人会在几天或几个星期之内死去；90%的生还者留下了诸如发育迟缓，智力障碍，运动障碍，癫痫，视力下降，听力障碍等。
因此，该病的防治工作尤其重要，由于传染源广泛，且多为隐性，其传播方式复杂，难以控制，并且易感普遍，因此防治工作的重点是疫苗的研制。
新生儿巨细胞病毒感染会引发呼吸系统和肝脏的疾病，主要是在围产期的过程中，可能由于宫颈、产道的逆行感染引起的，也可能会出现巨细胞病毒感染，一部分没有明显的临床症状。
巨细胞病毒通常指CMV,一般情况下，可通过IgG、IgM的检查确诊CMV感染,具体内容如下：
一般人群容易感染CMV，通过血液、母婴等方式传染。大部分成人在接触到CMV后都不会有明显的临床症状，但是婴幼儿、小孩、以及一些免疫力低下的患者会有明显的症状，尤其是病毒会透过胎盘而造成婴儿的感染，从而造成胎儿的异常。IgG、IgM的抗体检测可检出特异IgG及IgM,IgM为现症，IgG为显著性感染，进而可确诊CMV感染。
一般来讲，巨细胞病毒感染的严重性与年龄、免疫功能状态有关。一般来说，年纪越小，病情越严重，年纪越大，病情也就越轻。巨细胞病毒的感染对一般人的影响很小，而且没有太大的症状。对胎儿和免疫系统缺陷患者有很大的影响。对宫内胎儿会造成严重的神经系统损害，造成耳聋、智力障碍、运动障碍等，严重的还会导致残疾、死亡。免疫力低下的人，会出现各种严重的症状，如肺炎、视网膜炎、脑部病变等。
