脑干出血一旦发生后，需要立即就医，并入住神经外科重症监护室。如果脑干出血量比较小，可以予以保守治疗。保守治疗主要包括动态监测患者生命体征、积极控制血压、动态复查头部CT，同时使用脱水降颅压药物、护胃药物及预防下肢深静脉血栓的药物等。
脑干出血后遗症多会表现为颅神经异常，眼球活动异常，眼球内收障碍、外展障碍，瞳孔可能也会出现异常，如果影响三叉神经脊束核，患者会出现改面部感觉异常，如果影响到面、舌神经核，可以出现面瘫，主要是中枢性面瘫，还有舌瘫伸舌偏向一侧。如果影响了双侧锥体束，患者会出现肢体无力、偏瘫。如果双侧受累就会出现四肢瘫。总之脑干的后遗症的临床表现，主要根据受损部位的不同而表现不同。
脑干出血5ml，如果在住院期间没有发生相关严重的并发症，比如再出血、肺部感染、下肢深静脉血栓等并发症，患者很有可能得到较好的康复，其存活时间可能达到5年，甚至10年以上。如果在住院期间发生再出血，或者严重的脑水肿及相关并发症，患者有可能会在3周之内发生死亡。
对于脑干出血昏迷的患者来讲，这是病情加重的临床表现，可能会导致死亡，而死亡于脑出血量，出血的部位有着较大的关系，病情越重，出血量越大，血压越高，以及昏迷的时间越长，那么病情程度也就越深，发生死亡的几率也就越高，这没有办法判定，在昏迷之后多久会死亡。
脑干出血如果相对症状比较轻微，仅仅有头痛、恶心、呕吐的症状，并且出血量相对较小，大约在5ml左右，没有产生明显的其他伴随症状，瞳孔以及呼吸、心跳这些节律都没有变化，可以通过药物的方式进行医治。
