腘窝囊肿在绝大多数的情况下都需要手术治疗。因为只要发现腘窝囊肿，一般生长的都会比较大，不仅会引起小腿的血液供应，而且会导致下肢肿胀、疼痛，甚至有神经损伤症状，通常都需要在手术切开治疗。
股骨滑车骨软骨损伤的患者可以采用药物治疗、物理治疗等，有利于控制病情。
硫酸氨基葡萄糖胶囊、硫酸氨基软骨素、氨糖美辛肠溶片等都能帮助修复关节软骨损伤，缓解关节的疼痛和肿胀。运动疗法能有效地改善关节内液体的吸收。如果出现了关节软骨脱落，要进行关节镜手术，使用富血小板血浆进行关节腔内注射是很有效的，对身体的恢复有一定作用。
腘窝囊肿跟过度劳累或局部肌腱肌肉等软组织炎症有关，中医方面用中医辨证论治，对证治疗，如用活血化瘀，健脾利湿，消肿止痛的方药，外用舒筋活血的药物外敷会有所好转。
这种疾病一般来讲不会引起局部明显的症状，这种疾病的形成主要是由于膝关节的积液比较多关节腔内的压力比较大向后挤压形成的。形成一个良性的肿块。积极的多注意休息，热敷烫洗，就能够使关节积液得到充分的吸收，囊肿就会逐渐的变小。如果囊肿逐渐增大，引起了膝关节的活动功能受限，甚至压迫到了血管神经，是需要积极的进行手术切除的。
要确定右腘囊肿的发生，首先应考虑囊肿的大小。如果囊肿很小，对正常运动没有影响，通常进行保守治疗。然而，如果囊肿相对较大，将严重影响膝关节的运动，需要进行手术治疗。
腘窝囊肿病治疗的最有效方法就是行手术切除，只要术中仔细、认真，完全可以把囊肿完全切除，术后很少会复发。虽然因为第一次的手术导致局部组织粘连增加了二次手术的难度，但是只要术中保护好腘动脉，其他操作并非很困难。
