宝宝生理性腹泻可通过以下方式进行处理。
儿童乳糖不耐受、受凉或进食过多可能会引起宝宝生理性腹泻，如果宝宝的症状较轻，则建议适当补充锌剂、微量元素；如果宝宝症状比较严重，建议家长在医生的指导下给患儿服用一些胃肠黏膜保护剂或调节肠道菌群的药物进行治疗。
注意病情好转后家长也不能放松警惕，要注意早晨起床后，及时打开窗户，呼吸室外新鲜空气，同时保持室内空气流通。
宝宝生理性腹泻1-3个月左右能好。
生理性腹泻以6个月内婴儿多见，外表虚胖，常伴湿疹并在出生后很快发生腹泻，除了大便次数的增加，未见其异常症状，食欲良好，对它的生长发育没有影响，通常1-3个月左右能好。如果是感染性疾病引起的腹泻，可表现为发热、腹痛和呕吐等症。
此外，腹泻症状渐渐改善，可给予婴儿口服益生菌，以调整胃肠功能。
婴儿生理性腹泻，多见于六个月以下的宝宝，出生后不久就开始腹泻，除了大便次数多以外，无其他症状，宝宝食欲良好，发育正常，外观虚胖，待孩子添加辅食后，大便渐渐转为正常，生理性腹泻不用药物治疗，注意护理就可以了，宝宝大便次数多，所以要勤换尿不湿，用温水洗臀部，保持臀部和会阴部皮肤干净，预防局部感染的发生。
生理性腹泻是由母乳原因造成的，解决的根本办法就是换奶，药物治疗是不能解决根本问题的，当改吃牛奶或其他乳品后一般都能奏效，对于生理性腹泻婴儿应加强护理，应及时换尿布，用温水清洗臀部及会阴部，并用软膏涂抹，否则就有可能引起臀部皮肤发红，甚至局部感染。
这个生理性腹泻一般常见于小于六个月的宝宝，母乳喂养的常见的，这个大便可为稀便，无粘液脓血，一日数次~10余次不等，不伴有发热、呕吐、腹胀等症状，粪便常规检查无异常。宝宝精神好，吃奶好，体重稳定增长，不影响生长发育，这样的情况下一般无须治疗，添加辅食以后就可以改善的。
早期的主要症状是呕吐、体温在38℃~39℃之间，继而出现腹泻，每天大便在10次左右，个别孩子可达20次。早期可有粪便，经数次腹泻后，大便呈水样或稀米汤样，无脓血且量较多。由于患儿大量失水，很快发生脱水现象，出现精神萎靡，表情淡漠，嗜睡，面色灰白，前囱门和眼窝下陷，皮肤松弛，捏起后不能立即展平，尿少，口脏黏膜干燥等症状，若不及时纠正脱水状态，常可导致死亡。