上呼吸道感染的治疗包括抗生素治疗、抗病毒药物治疗等。上呼吸道感染主要由病毒引起，可以选择支持对症的治疗，也可以选择蒲地蓝等清热解毒的药物。
如果是甲流、乙流，可以选择奥司他韦、扎那米韦等抗病毒药物。上呼吸道感染是由细菌感染引起的，可以口服头孢、青霉素等抗生素。如果是支原体、衣原体导致的上呼吸道感染，可以选择红霉素、阿奇霉素、左氧氟沙星等药物。
对于社区获得性上呼吸道感染，选择抗生素比较多的是青霉素类和一代二代的头孢，对革兰氏阳性菌比较敏感。而如果是院内感染的比如是在医院里面出现的交叉感染，选择三代头孢和喹诺酮类，这种抗菌谱比较广一些，主要针对于革兰氏阴性菌的感染。
上呼吸道感染可以吃头孢三天。临床上判定一种抗生素对某个疾病的病原体是否有效一般需要三天时间如果三天没有明显的效果就证明该抗生素对病原体无效。头孢是可以治疗上呼吸道感染。
上呼吸道感染经5到7天就可痊愈，在两周左右还没有见好转的话，可能是由于身体某些部位变成了慢性疾病，伴并发症者可致病程迁延。比如咽炎，喉炎等。可以去复查一下血常规和胸片，如果还有咳嗽吐痰的真转的话，要再做一下痰培养，找出病因，对症治疗。
患上呼吸道感染时不需要用抗生素。上呼吸道感染的主要原因是各种病毒感染，而细菌感染一般是继发于病毒感染，如果是单纯性病毒性上呼吸道感染，不需要使用抗生素，因为抗生素只能杀死或抑制细菌，对病毒没有任何作用，如果滥用抗生素，会导致机体菌群失衡，导致细菌产生二次感染。如果出现上呼吸道感染，不是病毒，而是细菌感所致，比如化脓性扁桃体炎，可以选择敏感抗生素。
