流脑是由于细菌感染的脑膜炎症，乙脑是由于病毒感染的脑实质的病变，也就是大脑炎。两种疾病所使用的药物是明显不同的，流脑通过自己的治疗，会完全康复的，大脑炎的病症比较严重，通过治疗部分患者，未留有后遗症状。
典型的症状有初期时会体温急剧上升到39摄氏度到40摄氏度，有头痛恶心和呕吐，具有嗜睡或者是精神倦怠，并有颈下部的轻度强直。采用药物治疗的方法，比如用一些肾上腺皮质激素，肾上腺皮质激素具有抗炎退热，降低毛细血管通透性，保护血脑屏障减轻脑水肿等的作用。
乙型脑炎是由乙脑病毒引起的自然疫源性疾病，经蚊媒传播，流行于夏秋两季。无明显前驱症状，可有发热、食欲不振、轻度嗜睡、大儿童咳嗽药头痛，婴幼儿可出现腹泻。药物治疗为肾上腺皮质激素及其他治疗，对重症和早期确诊的即可应用，待体温静至38摄氏度以上持续两天即可逐渐减量，不宜超过七天。
孩子打完乙脑疫苗后发烧一般不会超过三天,乙脑疫苗作为外源性的致热源,可以引起机体发热,这种发热一般大部分孩子都是低热,很少有高热的,持续时间不超过三天,大部分孩子在一天左右。另外，乙脑疫苗接种后的不良反应还包括注射局部红肿、疼痛以及食欲不振、胃肠不适等消化道症状，一般持续3天左右就会自动消失。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。
脑膜炎双球菌疫苗就是流脑疫苗，并不是乙脑疫苗，不能混为一谈，其实乙脑也就是们所俗称的流行性乙型脑炎。注射流脑疫苗是为了预防流行性脑脊髓膜炎。所以脑膜炎双球菌是流脑。
乙脑疫苗比较安全，仅有少数小儿会出现不良反应。注射乙脑疫苗后可出现发热，还可出现头痛、头晕、乏力、寒战等全身症状，也可出现腹痛、腹泻、呕吐等胃肠道症状，一般在1天内可自然消退。注射乙肝疫苗后还可出现局部不良反应，如注射部位发红、肿胀、出现疼痛、皮温升高等，局部的不良反应一般持续数个小时。
