如果喝清洁肠道的药物，而又没有形成腹泻，也没有达到肠道清洁的目的，就要找医生进行进一步的深入追寻。有一些病人是肠道梗阻，不可能出现肠道清洁，不能进行肠镜检查。如果没有肠道梗阻的存在，也没有明确的肠道排气、排便障碍的情况下，而出现肠道气积，说明肠道的功能有问题。
肠镜过程中会对肠道黏膜造成刺激，打了麻醉药可能当时没有疼痛，麻药药效过后就会出现疼痛；取了病理检查的，腹痛会比较明显，不需特别处理。注意饮食，暂时以流质半流质食物为主，禁止食用烟酒辛辣食品牛奶乳制品，减轻肠道负担，2-3天症状就会消失。腹痛症状明显，不能耐受，可以在医生指导下服用止痛药物。
做肠镜发现息肉可以直接切除。如果做肠镜发现有息肉的话，要通过手术切除的，因为这种肠道息肉没有特效的药物治疗，只能通过手术切除息肉，或者是切除部分肠段的方法来治疗，但是要注意的是，肠道息肉如果是单个的话，可以切除，如果是多发息肉，或者息肉大的话，应该先密切观察病情进展，进行病理组织活检，明确良恶性后再确定治疗方法。
需要分情况决定要不要住院。一般就诊正规医院消化科门诊即可，普通的肠镜检查是无需住院。但是如果是进行肠息肉，腺瘤手术切除，可能会需要住院治疗。肠镜检查前需要进行肠道准备。如果是无痛肠镜，检查前需要禁食水4小时以上。
服用肠镜药物，不发生腹泻时，使用量可能较小，如果发生说明情况，可以增大使用量，达到肠清肠的效果，肠镜后需要增加适量的饮水量，补充人体内的水分。口服常用药物等时，由于体内的水分会大量丢失，体内的水分会大量丢失。
如果是做的可以摘活动义齿，是一定要拿掉的，固定义齿不需要去除。检查前两天进食容易消化饮食半流质如稀饭，禁食含粗纤维类食物。检查前一天米汤、牛奶、豆浆等流质饮食，检查当天禁食。检查后24小时内禁食辛辣食物，12小时内不能饮酒。
