川崎病患者大多有较好的预后，部分患者能自行康复。不典型的川崎病，最大的危险在于它会导致冠状动脉的扩张，如果不是这样的话，它是可以自行愈合的。不典型的川崎病也可以通过适当的治疗来恢复。
但也有少数儿童，出现冠状动脉瘤的几率在15-30%之间。要是冠状动脉瘤出现了破裂、血栓、心肌炎之类的情况，那可是要人命的。甚至在康复期间，还会因为缺血性心脏病而突然死亡。如果能够及时发现非典型川崎病，可以在急性期给予阿司匹林或丙种球蛋白等药物，预后较好。
儿童不典型川崎病一般不会自愈。
儿童不典型川崎病一般在临床上可能没有明显症状，此时一般不易被发现，可能会导致病情延误，而病情延误可能会导致病情进一步加重，使患儿错过最佳治疗时机，可能会出现多种并发症。所以儿童不典型川崎病一般不会自愈，需要及时进行治疗，一般可以在医生的指导下及时确诊，进行积极治疗，有效控制病情，避免引起冠状动脉的病变，降低并发症的发病率。
不典型川崎病，最大的危害就是会引起冠状动脉扩张，如果没有这种并发症，经过及时、合理的治疗，是可以自愈的。发现治疗不及时的，会出现并发症，最严重的是冠状动脉瘤。一旦造成动脉瘤破裂出血，人就会有生命的危险。
这种疾病的治疗费用十分昂贵，因为现在还不能一次性完全治疗痊愈，只能先使用药物进行缓解性的治疗，而缓解性治疗的药物价格也十分昂贵，多在六千元到一万元左右，需要进行多疗程的治疗，总体花费可能在十万元到二十万元左右。
有一定的自愈概率，川崎病大多数患儿预后都是良好的，呈自限性，经过有一定的自愈几率，一般经过适当的治疗，就可以初见康复，但是15%至30%的川崎病患，可发生冠状动脉瘤，由于冠状动脉瘤破裂，血栓的闭塞或者心肌炎而死亡，甚至在恢复期中可以出现缺血性心脏病猝死。
川崎病有多器官系统的表现，症状有不明原因的发热持续5天或者更久，双侧结膜充血、眼球发红是一个典型表现。口腔及咽部粘膜弥漫性充血、发红、唇发红或者干裂、舌面红肿，发病初期手、脚硬肿，手心和脚心发红，疾病期，手脚尖端都有脱皮。
