腘窝囊肿可以选择局部麻醉下穿刺抽液，囊腔内注入激素，促进黏连，或者再次进行手术治疗，仍会有再次出现复发的可能。如果进行了手术治疗，是很容易出现复发的，考虑是囊壁的残留，关节腔持续的分泌润滑液，导致局部的复发。
腘窝囊肿临床上大部分是由关节积液压力后渗形成的，也是临床常见而病情不是很严重的疾病，不会导致临床症状的出现的，只要不出现感染对人体没多大危害，也不用太过担心，不存在恶变，或者定期复查了解囊肿的位置大小的变化。
腘窝囊肿跟过度劳累或局部肌腱肌肉等软组织炎症有关，中医方面用中医辨证论治，对证治疗，如用活血化瘀，健脾利湿，消肿止痛的方药，外用舒筋活血的药物外敷会有所好转。
腘窝囊肿如果较小，并且无明显症状，可以暂时不用任何治疗，继续观察就行，期间注意避免膝关节过度伸屈，以免使囊肿体积变大。如果腘窝囊肿体积较大，影响到膝关节屈曲，或者压迫到局部神经血管，出现小腿的缺血症状或者小腿神经症状，如麻木、放射性疼痛等，则需要手术切除。
平时注意减少腘窝的活动，尽量减少膝关节处的刺激，爬楼梯或者长时间蹲的姿势尽量避免对于小的囊肿，无症状时不需要做任何治疗，但要定期复查，观察囊肿是否继续增大。严重的囊肿可考虑手术。
