腘窝囊肿可以选择局部麻醉下穿刺抽液，囊腔内注入激素，促进黏连，或者再次进行手术治疗，仍会有再次出现复发的可能。如果进行了手术治疗，是很容易出现复发的，考虑是囊壁的残留，关节腔持续的分泌润滑液，导致局部的复发。
腘窝囊肿跟过度劳累或局部肌腱肌肉等软组织炎症有关，中医方面用中医辨证论治，对证治疗，如用活血化瘀，健脾利湿，消肿止痛的方药，外用舒筋活血的药物外敷会有所好转。
如果囊肿比较小的，是可以治好的，自己逐渐的消失的。这种囊肿大部分情况下还是由于膝关节内的大量的关节积液，通过一定的通道跑到关节后面而形成的。长时间的站立行走以及剧烈运动会，导致膝关节的骨性关节炎加重，炎性渗出，同时还会出现滑膜炎症，导致关节腔积液增多，液体就会形成腘窝囊肿。
这种疾病一般来讲不会引起局部明显的症状，这种疾病的形成主要是由于膝关节的积液比较多关节腔内的压力比较大向后挤压形成的。形成一个良性的肿块。积极的多注意休息，热敷烫洗，就能够使关节积液得到充分的吸收，囊肿就会逐渐的变小。如果囊肿逐渐增大，引起了膝关节的活动功能受限，甚至压迫到了血管神经，是需要积极的进行手术切除的。
平时注意减少腘窝的活动，尽量减少膝关节处的刺激，爬楼梯或者长时间蹲的姿势尽量避免对于小的囊肿，无症状时不需要做任何治疗，但要定期复查，观察囊肿是否继续增大。严重的囊肿可考虑手术。