在临床上，皮脂腺囊肿的治疗一般是进行手术切除，手术切除的时候要注意要把皮脂腺囊肿的囊壁切除干净，以免造成皮脂腺囊肿术后的复发。另外切除皮脂腺囊肿的时候，最好不要将皮脂腺囊肿弄破，以免影响切口的愈合，造成切口感染；如果患者的皮脂腺囊肿位于头面部以及身体裸露部位，要注意切口尽量地要小，注意患者切口的美观。皮脂腺囊肿属于人体的良性病变，一般预后良好。
皮脂腺囊肿常发生在头面部等皮脂腺丰富的部位，不会自己消.易合并感染，主张手术切除。手术是皮脂腺囊肿唯一的治疗方法。手术中可在与囊肿相连的皮肤，尤其是见到导管开口时，沿着皮纹方向设计梭形的皮肤切口，连同囊肿一起摘除。如不常感染.不增大.也可不理它。
有很多疾病科室分的不是很明确的，皮脂腺囊肿在皮肤科和外科都可以治疗的，大医院分的很详细，一般小医院里皮肤科属于外科，皮脂腺囊肿在普通外科通过手术切除治疗就可以的。
皮脂腺是皮肤附属器里的组织结构。它是一种可以产生脂类的器官，属于泡状腺体，由腺泡和较短的导管构成，腺泡是无腺腔的。临床上主要表现皮脂腺类的疾病，比如痤疮，它容易导致皮脂腺疾病；再就是皮脂腺痣，跟后天性也跟遗传性有一定的关系，包括油性皮肤、干性皮肤、皮肤瘙痒等，都跟皮脂腺有一定的联系。
皮脂腺痣痒的治疗手段，首先就是选择手术切除，切除以后，选择美容缝合，并且选择使用同一组放射治疗，防止皮脂腺痣二次增生，有必要，也可以选择使用一些冷冻的方式进行治疗，多次冷冻可能也会达到预期效果。
皮脂腺囊肿是局部皮脂蓄积引起的囊性增生，可以继发感染，出现肿痛流脓，这个如果囊肿不去除以后有可能反复发作。消炎只是短期控制治疗感染，便于手术治疗和恢复。囊肿切除后才能不再复发，囊肿治疗吃药和外用药物治疗是没有效果的。遵医嘱先控制感染。
