腘窝囊肿通常都需要在手术切开治疗。在手术直视下将腘窝囊肿完全分离，完整的将整个囊壁切除下来。术中可以根据腘窝囊肿大小，决定是否先切开囊肿，将囊液放出，再做出进一步的囊壁剥离。
要确定右腘囊肿的发生，首先应考虑囊肿的大小。如果囊肿很小，对正常运动没有影响，通常进行保守治疗。然而，如果囊肿相对较大，将严重影响膝关节的运动，需要进行手术治疗。
腘窝囊肿如果较小，并且无明显症状，可以暂时不用任何治疗，继续观察就行，期间注意避免膝关节过度伸屈，以免使囊肿体积变大。如果腘窝囊肿体积较大，影响到膝关节屈曲，或者压迫到局部神经血管，出现小腿的缺血症状或者小腿神经症状，如麻木、放射性疼痛等，则需要手术切除。
如果左侧腘窝囊肿较小可以采取保守治疗，卧床休息，制动，尽量避免着凉或者劳累，劳损等不利因素，局部可以外敷活血化瘀的膏药或者配合针刺，艾灸等物理疗法，以促进囊肿吸收，如果左侧腘窝囊肿较大，可以选择手术治疗，切开后将囊肿摘除。
腘窝囊肿跟过度劳累或局部肌腱肌肉等软组织炎症有关，中医方面用中医辨证论治，对证治疗，如用活血化瘀，健脾利湿，消肿止痛的方药，外用舒筋活血的药物外敷会有所好转。
腘窝囊肿临床上大部分是由关节积液压力后渗形成的，也是临床常见而病情不是很严重的疾病，不会导致临床症状的出现的，只要不出现感染对人体没多大危害，也不用太过担心，不存在恶变，或者定期复查了解囊肿的位置大小的变化。