如果左侧腘窝囊肿较小可以采取保守治疗，卧床休息，制动，尽量避免着凉或者劳累，劳损等不利因素，局部可以外敷活血化瘀的膏药或者配合针刺，艾灸等物理疗法，以促进囊肿吸收，如果左侧腘窝囊肿较大，可以选择手术治疗，切开后将囊肿摘除。
腘窝囊肿这个病最有效方法就是行手术切除，只要术中仔细、认真，完全可以把囊肿完全切除（主要是囊肿的基底部，需要切除部分滑膜），术后很少会再次复发。还需要再次手术，再到其他医院或者再另找一位有经验的骨科医生为做手术。虽然因为第一次的手术导致局部组织粘连增加了二次手术的难度，但是只要术中保护好腘动脉，其他操作并非很困难。
腘窝囊肿如果较小，并且无明显症状，可以暂时不用任何治疗，继续观察就行，期间注意避免膝关节过度伸屈，以免使囊肿体积变大。如果腘窝囊肿体积较大，影响到膝关节屈曲，或者压迫到局部神经血管，出现小腿的缺血症状或者小腿神经症状，如麻木、放射性疼痛等，则需要手术切除。
林是腘窝囊肿术后复发的情况，复发后也是需要进行蝈窝囊肿的切除，但是一定要切除的彻底。要注意减少重体力劳动，行走一段时间后要多休息，平时生活中注意饮食清淡，不要吃辛辣刺激性的食物。
一般需要住院3天-5天可以出院，十天后可以拆线。术后早期住院观察治疗，避免继发性细菌感染，给机体带来不适反应现象。注意休息避免劳累，固定患部减少活动，加强营养增加抵抗力，及时给予消炎对症处理，按时复查处理及康复锻炼身体，早期恢复健康。
腘窝囊肿临床上大部分是由关节积液压力后渗形成的，也是临床常见而病情不是很严重的疾病，不会导致临床症状的出现的，只要不出现感染对人体没多大危害，也不用太过担心，不存在恶变，或者定期复查了解囊肿的位置大小的变化。