手术一般要分三次做，首先需先造瘘，使患儿粪便能排出来，这种手术相对简单，然后再根据患儿体质情况，发育情况，再择期手术做肛门手术等孩子一周岁以后再做第三次手术。
无论是高位还是中位闭锁都需要进行手术治疗，这也是治疗的唯一途径，术后如果排便功能正常就代表手术成功。为了保证安全与效果，术后注意卫生，预防感染，注意规律、合理、清淡饮食，多吃水果和蔬菜，忌食辛辣、刺激、油腻、生冷的食物。增强体育锻炼，提升自己的免疫力。
肛周脓肿一般的是只要是有污染的情况就会导致局部的复发，导致瘙痒及化脓。及时去医院进行肛肠专科的检查，并行包囊的切除就可以的。术后以抗炎治疗为主，要保持清洁卫生，平时多吃有营养的食物来促进恢复的。同时要注意平地的休息时间，让宝宝多些休息，补充适当的维生素。
肛门闭锁又称低位肛门直肠闭锁，确诊后应尽早行手术治疗，一般施行会阴肛门成形术，也可采用骶会阴肛门成形术，可以遗留肛门狭窄，建议定期扩肛。这是一种先天发育性畸形，应该不具有遗传性，除非有家族性的遗传病史。
肛门闭锁主要是由于原始肛发育异常，未形成肛管，导致直肠与外界不通。新生儿先天性肛门闭锁是一种先天性疾病。可以通过手术的方法进行治疗的，尽快带着宝宝去医院检查，根据检查结果，在外科大夫的指导下，采取手术治疗的办法。
