脓肿形成之前或早期，可采用抗感染治疗。脓肿形成时，即应手术引流。脓肿大且全身症状重者，除根据临床和药敏试验选择有效抗生素外，尚需辅以支持对症治疗。在脓肿切开引流时，若发现明确的内口，可同时行挂线术。
外科治疗，如损伤轻，伤口小，无污染时，只需行单纯清创缝合，如损伤重，位置深应行结肠造口，伤口愈合后应定期扩张肛门和直肠，预防狭窄。外敷药物，采用中西药物配制消炎止痛软膏，直接涂于裂口处，能减轻疼痛和缓解括约肌痉挛。
手术治疗，如肛管损伤严重，若伤口深在，合并括约肌撕裂，可加做近端肠造口，不强求损伤彻底清创和一期修复。抗感染治疗，包括针对需氧菌及厌氧菌的抗生素、中药清热解毒、疏泻通宣，通便、热水坐浴、理疗等。
需采用以下治疗方法。抗感染治疗：造口远端乙状结肠和直肠应用生理盐水充分灌洗，并运用抗生素清洗，以防感染。挂线术治疗：在脓肿切开引流时，若发现明确的内口，可行挂线术进行治疗。
外敷药物，采用中西药物配制消炎止痛软膏，直接涂于裂口处，能减轻疼痛和缓解括约肌痉挛；手术治疗，肛管损伤严重，若伤口深在，合并括约肌撕裂，可加做近端肠造口，不强求损伤彻底清创和一期修复。