巧克力囊肿的早期症状有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调。
巧克力囊肿有很多种临床表现，其因人而异，症状与月经周期密切相关。有25%病人无任何症状。主要症状包括疼痛、盆腔疼痛、盆腔肿块、月经异常、不孕及其他临床症状。因此痛经不是诊断巧克力囊肿的必要症状。另外还有慢性盆腔痛和性交痛。急腹痛常常是由于巧克力囊肿破裂引起的。巧克力囊肿的另一主要症状是月经异常。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位的一种。一般药物治疗是没有什么效果的，目前看是囊肿不大，可以先观察，暂时不用手术治疗，只要是没有明显增长就没事。建议平时养成良好的生活习惯，不要熬夜，适当锻炼，月经期不要同房，避免发生阴道炎或是加重病情。
治疗巧克力囊肿不一定要切除卵巢，需要根据病人的具体情况来定。巧克力囊肿是女性患有子宫内膜异位症的一种病变，巧克力囊肿的发生主要是由于女性在月经期间出现子宫壁脱落出子宫内膜碎片引起引流不畅，导致经血不能完全从阴道排出，有少量的经血经过输卵管向盆腔倒流，从而发生血瘀，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿。
B超发现卵巢囊肿，一定要医生当时明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的，b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。因为子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
巧克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。可以去专业正规的医院进行检查和治疗。日常饮食应以清淡食物为主，多食有营养的食物，如鸡蛋、豆腐、瘦肉等。忌食生、冷和刺激性的食物。
