先天性肛门闭锁是需要及时进行手术治疗的。手术方式需要依靠宝宝具体病情而定，部分患儿还需要进行几次手术才能完全康复，大部分患儿预后很好。宝宝小，应该好好护理，避免发生吐奶而导致窒息的情况，加强喂养，提供足够营养。平时可以吃一些清淡的食物，可以多吃一些水果蔬菜，有利于补充维生素。
先天性肛闭锁，是新生儿一种先天性发育性疾病，这种疾病可以采取手术治疗，只要通过手术治疗，就可以彻底解决，并不是很难解决的疾病。到正规医院进行检查，然后再做进一步的治疗。
根据MRI的临床分类制定不同的手术方案，对中位无肛常规采用Pena手术后矢状入路，对高位无肛盲端距肛窝距离小于3.5-4.0cm无瘘3.5cm，有瘘4.0cm采用Pena手术，大于此距离采用腹腔镜辅助手术，95-98%的患儿均采用一期手术，充分利用电刺激及纤维外科技术，不仅避免了开腹的巨大创伤,而且保证了新直肠能准确通过括约肌中心，达到了最佳排便功能。
儿童被诊断为先天性肛门闭锁，父母不应慌张，必须尽快手术，使粪便能排出体外，不影响儿童的生长发育，需到市级以上医院进行外科治疗。所以需要服从医生的治疗计划，积极配合治疗。
根据类型选择不同的手术方法。如肛膜切开术：于会阴肛区凹陷处取前后纵切口十字切口切开肛膜，使肛门内外相通。然后扩肛至能放入示指即可。或是腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术等。
先天性肛门闭锁属于一种先天性的消化系统发育畸形，会影响孩子粪便的排出，不及时处理就会造成孩子死亡。病人应该及时到正规的公立医院进行检查，可以采取手术的方法进行矫正治疗。如果孩子体质较弱，也可以先行肠造瘘手术治疗。
