一经诊断，根据情况选择行手术治疗。如会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术，或低位锁肛：常规消毒。不用局麻也可。只要将会阴皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可治愈。因为孩子的年龄比较小，所以在手术之前一定要做详细的检查。
先天性肛门闭锁是需要及时进行手术治疗的。手术方式需要依靠宝宝具体病情而定，部分患儿还需要进行几次手术才能完全康复，大部分患儿预后很好。宝宝小，应该好好护理，避免发生吐奶而导致窒息的情况，加强喂养，提供足够营养。平时可以吃一些清淡的食物，可以多吃一些水果蔬菜，有利于补充维生素。
先天性肛闭锁，是新生儿一种先天性发育性疾病，这种疾病可以采取手术治疗，只要通过手术治疗，就可以彻底解决，并不是很难解决的疾病。到正规医院进行检查，然后再做进一步的治疗。
先天性低位肛门闭锁是小儿常见的直肠肛门发育畸形。以往对于不合并瘘管的肛门闭锁常规采用原位“X”切开，而对于合并皮肤病或外阴瘘者则多采用肛门后切术或V形肛门成形术进行治疗。
肛门闭锁检查费用寻常是2百-4百元左右。肛门闭锁确诊可通过直肠指诊，超声波，穿刺等，不同类型会采用不同的检查，所以费用是不同的。肛门闭锁须及时治疗，否则孩子生命难保，根据直肠、肛管的类型来选择手术。
儿童被诊断为先天性肛门闭锁，父母不应慌张，必须尽快手术，使粪便能排出体外，不影响儿童的生长发育，需到市级以上医院进行外科治疗。所以需要服从医生的治疗计划，积极配合治疗。
