自然流产第三天了腰疼可能是多种原因导致的，具体分析如下：
如果女性在自然流产后三天会感到腰痛，可能是由于受了某种寒气的刺激，也可能是由于没有休息好，也可能是由于工作过度导致的。在流产后要多休息，不要过度劳累，不要做太多的体力活，要让自己的情绪得到充分的释放。同时要注意保持外阴的卫生，经常更换卫生巾，在一个月之内不能同房。需要到医院做个全面的检查，确定是什么导致了自然流产，然后才能对症治疗。
自然流产会有肚子疼的现象，可以注意观察身体的情况为好的，确定胎囊是不是完全流产干净了，也是要注意腹部保暖，休息好，喝点红糖水，是有利于身体的恢复，要注意定期的复查来确定身体恢复的情况。流产后暂时少吃生冷刺激的食物，按时作息，注意局部卫生，暂时禁止性生活。
自然流产以后出现腰痛，考虑是在流产以后未得到及时的恢复，而导致的后遗症。在自然流产以后，一定要注意休息，避免劳累，不要吃辛辣、冰冻的食物以及冷饮。在流产的时期，女性的机体抵抗力比较弱，如果不注意外阴的清洁卫生，很容易导致子宫内膜炎、盆腔炎及附件炎。
常见的原因妇科炎症或者囊肿，建议到妇科做个B超检查。患有侧附件有炎症，在人工流产之后机体的抵抗力下降，就可能在局部出现疼痛的症状。另外当左侧卵巢有囊肿后，在术后刺激也可能会出现疼痛的症状。可以去医院进行相关的检查，明确病因，积极配合治疗。在治疗期间，患者应注意清淡饮食。注意休息，暂不要进行性生活，保持外阴清洁卫生。
指导意见：根据你现在的描述考虑是子宫收缩性疼痛， 现在注意休息和营养，建议不要吃辛辣的食物，可以服用阿莫西林和产后逐瘀胶囊进行治疗。或点滴青霉素，替硝唑和缩宫素治疗。
